feat: 接入可追溯的 M06 论文读取 Agent

.ai-team/TASK.md

@@ -1,61 +1,110 @@
 # Current Task
 
-- ID: `AR-003`
-- Title: `Simplify the assignment plan to module level`
-- Status: `done`
-- Owner: `zzg`
-- Next owner: `user/team`
+- ID: `AR-010`
+- Title: `将可追溯的 M06 论文读取接入主 Research LangGraph`
+- Status: `handoff`
+- Owner: `kyle`
+- Next owner: `kyle/项目评审`
 
 ## Goal
 
-根据用户反馈，把任务拆解入口从 122 个子任务收敛为模块级分配。保留此前详细版作为附录，但当前团队先按模块认领负责人、边界、主要产出、依赖和验收目标。
+把调用方显式提供并声明有权处理的本地、可提取文本论文转换为可定位、可校验、可追问的阅读证据，
+并接入主
+Research LangGraph。当前切片承诺全文解析、稳定 locator、标准 ReadingCard 十项合同、
+claim-evidence 绑定、单次证据问答和论文级失败恢复；章节级阅读陪跑仍是独立功能块。
 
 ## Acceptance scenarios
 
-- [x] `docs/AutoResearch_任务拆解书.md` 只作为模块级分配入口，覆盖 M00–M17。
-- [x] 每个模块说明目标、边界、主要交付物、前置模块、负责人建议和当前状态。
-- [x] 文档提供模块负责人验收模板和第一批模块分配建议。
-- [x] 原 122 子任务版本保留为 `docs/AutoResearch_任务拆解书_详细版.md`，不丢失后续拆解素材。
-- [x] README、Project-to-Act 和 VibeCollab 任务状态保持一致，不改变五业务 Agent 和证据门禁边界。
+- [x] 多页 PDF 被解析为稳定文档块，第二页结果保留第二页 locator 和全文 checksum。
+- [x] ReadingCard 中的结构化 claim 可通过 evidence ID 回溯到同一论文和有效原文块；仅有元数据或
+      摘要时不会冒充全文证据。
+- [x] 单次论文问答只从可定位原文句子中选择答案；来源不支持时返回 `unresolved=true`。
+- [x] Paper Reader 子图在 `ResearchState` 中保存有界的论文级进度，重放时不复制已完成阅读产物，
+      checkpoint 中不保存全文。
+- [x] 缺失、损坏、空白、加密、需要 OCR 或不支持的文档产生结构化诊断；同批一篇失败不会抹掉
+      已成功论文。
+- [x] 现有 CLI/API 保持兼容，业务 Agent 仍严格为五个，离线 Ruff、pytest、doctor 和任务检查通过。
+- [x] 标准 ReadingCard 覆盖规范引用、版本、M05 OA/许可快照、全文 hash、研究问题/作者主张、
+      方法与实验要素、精确结果定位、适用边界、复现资源、idea 关系、创新分栏、待补读项、置信度及
+      审核状态；事实项均复用可回查的 claim/evidence/locator。
+- [ ] 章节级 checkpoint、暂停/恢复和按当前段落装配上下文属于独立功能块，当前没有实现，也不计入
+      本切片完成项。
 
 ## Invariants
 
-- 当前入口不要求团队一次性拆到函数、接口或工单；模块负责人后续再自行细化。
-- 详细版是参考材料，不代表所有子任务都已实现或已验收。
-- 真实论文试点、生产数据库、Web UI、灾备和性能仍保持原有“外部阻塞/待开发”状态。
-- 不提交 token、密钥、私有来源、完整论文、原始提示或虚构外部结果。
+- 业务 Agent 始终保持五个。解析、locator 校验、证据持久化和 checkpoint 记账是确定性服务或节点，
+  不伪装成额外 Agent。
+- 不绕过付费墙，不提交凭据、私有/完整论文、原始提示词或模型原始输出；测试只使用运行时生成的
+  fixture。
+- 全文和无界文本块不得进入 `ResearchState` 或 `HandoffEnvelope`；图状态只保存稳定 ID、有界摘要、
+  进度和诊断。
+- 模型可以理解给定原文块，但不能编造页码、章节、block locator、evidence ID、证据等级或状态迁移。
+- 来源缺失或 provenance 无效时必须 fail closed；摘要/题录降级必须显式标注，不能取得全文证据等级。
+- 当前不重做 M05 检索/OA/许可，不重做 M07 创新挖掘，也不实现 OCR、复杂表格/公式解析、
+  Web UI 或生产存储。
+- 现有 `POST /papers/{id}/questions` 仅为无会话的单次证据问答兼容接口，不得在文档或验收中称为
+  “章节级阅读陪跑”。
 
 ## Decisions
 
-- 使用 M00–M17 作为稳定模块 ID，先按模块分配负责人。
-- 保留详细拆解版，避免未来重新整理时丢失依赖和验收素材。
-- `.project-to-act` 继续作为长期项目事实源；`.ai-team/TASK.md` 只记录本次短周期交付。
+- 本任务基于 `main` 提交 `46fbd7a`；开放中的 AR-008 V2 仍是明确集成风险，不能静默采用其合同设计。
+- 首个切片支持调用方显式提供并声明有权处理的本地 born-digital PDF、UTF-8 TXT 和 Markdown。扫描 PDF 返回
+  `ocr_required`，不伪造正文。
+- 复用现有父图和 SQLite checkpointer，在原 Paper Reader 内扩展子图，不增加第六个业务 Agent。
+- 保持已有 `ReadingCard`/`ReadingAnswer` 消费方兼容，同时增加有类型的 provenance 和 claim 绑定。
+- 按项目负责人确认的口径把章节级阅读陪跑视为独立功能块：不删除现有单次问答接口，不在本任务中实现陪读会话，
+  并保留 parser/block/locator 作为未来陪读模块可复用的底座。
+- 按 M05 PR 当前合同，M05 只保存独立 `paper_open_access` 记录，包含 OA 状态、合法全文入口和
+  license，不修改 `PaperRecord`、不下载 PDF。M06 只按 `paper_id` 读取该记录作为卡片元数据，绝不把
+  `fulltext_url` 当作 `full_text_path`；正文仍只来自显式提供的本地文件。
 
 ## Completed
 
-- 将原 `docs/AutoResearch_任务拆解书.md` 移为 `docs/AutoResearch_任务拆解书_详细版.md`。
-- 新建模块级 `docs/AutoResearch_任务拆解书.md`，包含 18 个模块、执行阶段、负责人模板和首批分配建议。
-- 保留 README 任务书入口，并将 AR-003 的状态、范围和下一步写入协作账本。
+- 增加解析文档、文档块、locator、读取诊断、claim 绑定、ReadingCard/ReadingAnswer 扩展和 Reader 进度合同。
+- 增加基于内容寻址的 PDF/TXT/Markdown 解析器，保存页/块定位、原文 checksum、缓存完整性校验、
+  大小/页数/字符上限、摘要降级和显式失败类型。
+- 重构 `PaperReaderService`：缓存抽取 profile，验证模型返回的 block/quote/claim，构建逐 claim 证据，
+  拒绝失效证据，并只从可定位原文句子回答单次问题。
+- 把原单节点 Reader 改为 `prepare_batch -> read_one_paper -> finalize_batch`，记录逐篇游标并通过父图
+  checkpointer 恢复；未知异常使用同一 `thread_id` 的 continue 路径。
+- 增加 `POST /runs/{run_id}/continue` 和 `autoresearch continue-run`；`resume` 仍只处理人工中断。
+- 增加双页 PDF 精确定位、解析失败、缓存篡改、摘要降级、失效证据、对抗模型输出、问答负例、
+  批次部分/全部失败、幂等重放和应用重启恢复测试。
+- 补齐标准 ReadingCard 十项结构：规范引用快照、显式论文版本、M05 OA/许可快照、全文 SHA-256、
+  研究问题/作者主张、方法/数据集/基线/变量/指标、关键结果、适用范围/假设/局限/失败案例、复现资源
+  与缺失项、idea 关系、作者创新/Reader 推断创新分栏、待补读引用、置信度和待审核 evidence 集。
+- locator 新增章节、表和图标签；只有原文能识别标签时才填写，并与页码、block、字符偏移一起回查。
 
 ## Pending
 
-- 用户/团队需要为模块负责人模板填写实际 owner、分支、目标日期和 evidence ID。
-- 模块负责人确认后，再选择需要展开的模块，不默认展开全部模块。
-- 真实论文试点仍等待 idea、领域、目标 venue、授权全文和实验资源边界。
+- 项目负责人需确认非 `pending` 的阅读卡审核由哪个角色写入、允许哪些状态迁移；当前 Reader 只建立
+  `pending` 状态和待审核 evidence ID，不冒充人工或 Reviewer 已审核。
+- 项目负责人需确认是否在 M06 验收中要求独立的用户授权记录及“本地解析/发送外部 LLM”分 scope 门禁；当前
+  `full_text_path` 只执行调用方声明式合同，没有独立授权审计记录，E2 仅表示全文证据等级而非版权许可。
+- 项目负责人和检索负责人需确认论文版本由检索、显式导入还是人工补录；当前合同支持版本枚举，来源未提供时
+  明确保存 `unknown` 和待补读项，不用 DOI/URL 猜测正式版本。
+- 需为章节级阅读陪读创建独立任务范围，明确 session、章节 cursor、暂停点、恢复请求、公式/图表
+  解析依赖和上下文装配规则。
+- 合并前与检索负责人协调 `contracts.py`、`application.py`、API 文档和 `.ai-team/TASK.md` 的交叉改动，
+  先 rebase 再共同确认 M05→M06 合同。
+- 生产多 worker 的抽取占用锁和事务 outbox 仍在 M04/生产存储范围，不能宣称 exactly-once。
 
 ## Next step
 
-先认领 M01–M04、M05–M07、M08、M09–M10、M11–M12、M13–M15/M17、M16 这 7 个模块包；完成模块边界确认后，再只对当前瓶颈模块做子任务拆解。
+先完成全量回归和代码评审，再由 kyle 把“版本来源、阅读卡审核状态迁移、摘要降级策略”三个剩余产品
+口径提交项目评审。章节级陪读另开功能任务，不删除也不复用当前问答接口冒充完成。
 
 ## Verification
 
-- [x] Project-to-Act `--check` — managed 配置有效，唯一账本保持不变。
-- [x] 模块文档结构检查 — M00–M17 全部存在，详细版文件可访问。
-- [x] `node .ai-team/check.mjs --base main` — AR-003 acceptance 5/5，任务范围和变更同步有效。
-- [x] Project-to-Act `--validate` — managed 配置 valid，issues 为空。
+- [x] `.venv\Scripts\python.exe -m ruff check src tests`：通过。
+- [x] `.venv\Scripts\python.exe -m pytest -W error -q`：40 项测试通过。
+- [x] `.venv\Scripts\autoresearch.exe doctor`：通过；恰好注册五个业务 Agent。
+- [x] `node .ai-team/check.mjs --base origin/main`：通过（使用工作区内置 Node）。
+- [x] `git diff --check`：通过；仅出现 Git 的 LF/CRLF checkout 提示。
 
 ## Handoff note
 
-- From: `zzg`
-- To: `user/team`
-- Summary: 当前分配入口已经降为模块级；详细拆解保留在附录。先分模块负责人，后续只对真正需要的模块继续细化。
+- From: `kyle`
+- To: `项目负责人/检索负责人/团队评审`
+- Summary: 当前交付是可追溯读取底座、标准阅读卡十项、单次证据问答和论文级恢复；章节级阅读陪跑
+  仍未实现且保持独立。M05 OA/license 只读接入，不下载全文；版本来源和非 pending 审核流程待项目负责人确认。

README.md

@@ -31,6 +31,7 @@ AutoResearch 是一个以证据为边界、以项目文件夹为账本的 LangGr
 - docs/ARCHITECTURE.md：总体架构与五 Agent。
 - docs/FUNCTION_MATRIX.md：基础版功能表与生产边界。
 - docs/WORKFLOW_AND_STATE.md：状态机、handoff、checkpoint/resume。
+- docs/M06_PAPER_READER.md：可定位阅读证据、claim map、单次证据问答与逐篇恢复。
 - docs/EVIDENCE_AND_GATES.md：证据等级与 L0–L4 门禁。
 - docs/KNOWLEDGE_AND_EVOLUTION.md：Wiki+Graph、画像、经验与自进化。
 - docs/API.md、docs/OPERATIONS.md、docs/DEVELOPMENT.md：接口、运行和开发。

docs/API.md

@@ -29,6 +29,7 @@ project_id 只接受小写字母、数字、下划线和连字符。已有目录
 | GET | /runs/{run_id} | 查看运行记录 |
 | GET | /runs/{run_id}?include_checkpoint=true | 同时查看 checkpoint/next/interrupt |
 | POST | /runs/{run_id}/resume | 恢复 L4 人工 interrupt |
+| POST | /runs/{run_id}/continue | 从普通节点异常的 checkpoint 重试 |
 
 POST /runs 可包含 seed_papers。没有真实论文时返回 201，但 run.status=blocked，这是有效的 fail-closed 业务结果，不是 HTTP 故障。
 
@@ -42,6 +43,15 @@ POST /runs/{id}/resume：
 
 非 interrupted run 恢复返回 409。
 
+`resume` 与 `continue` 不是同一个动作：`resume` 必须携带人工审批数据，只恢复
+`interrupt()`；`continue` 不接收审批数据，只重试保留在同一 thread_id 中的失败节点。
+工作流节点抛出未知异常时，`POST /runs` 返回 503，响应 detail 中包含 `run_id` 和
+`resumable`。仅当该 run 为 `failed` 且仍有待执行 checkpoint 时，`continue` 才接受请求。
+人工 resume 已提交但节点出现瞬时系统错误时，run 保持 `interrupted`、保留原 interrupt，
+并返回 `retry_mode=resume`；客户端应使用同一审批内容再次调用 `/resume`，不能改走
+`/continue`。重试请求必须与首次 approval、reviewer、note 完全一致；不同 payload 返回
+409，避免 LangGraph 重放已消费审批时忽略后来改变的决定。
+
 ## 证据与执行
 
 | 方法 | 路径 | 作用 |
@@ -58,11 +68,18 @@ POST /runs/{id}/resume：
 
 | 方法 | 路径 | 作用 |
 |---|---|---|
-| POST | /papers/{paper_id}/questions | 证据限定的陪读问答 |
+| POST | /papers/{paper_id}/questions | 无会话的单次论文证据问答（非章节级陪读） |
 | POST | /manuscripts/{manuscript_id}/revisions | 生成修改或润色版本 |
 
 阅读材料不足时返回 unresolved=true，不生成猜测答案。修订不会覆盖原稿，继承 evidence IDs 和 unresolved gaps，并强制 release_ready=false。
 
+单次问答答案中的 `citations` 包含 document checksum、block ID、页码（PDF）、字符偏移和
+精确引文。相关证据失效后，同一问题不会继续返回旧的 resolved 答案。
+
+该接口没有章节 cursor、暂停点、恢复请求或阅读会话；它不能作为计划书中“章节级阅读陪跑”
+的验收证据。章节级陪读应作为独立功能块接入 LangGraph，并复用现有 document/block/locator，
+而不是把本接口改名后冒充完成。
+
 ## Wiki、Graph 与画像
 
 | 方法 | 路径 | 作用 |

docs/ARCHITECTURE.md

@@ -35,7 +35,7 @@ LLM 是可选认知增强器，不是授权器。LLM 不可覆盖 GateDecision
 |---|---|---|---|
 | 总控 Agent | idea、项目约束、证据引用 | research charter、检索式、工作包、结构化派单 | 自行确认创新或实验结果 |
 | 论文搜索 Agent | 检索式、seed paper | 去重 PaperRecord、题录证据、检索诊断 | 无结果时编造论文 |
-| 论文读取 Agent | PaperRecord、全文或摘要 | ReadingCard、陪读回答、InnovationCandidate | 把摘要推断写成全文事实；把候选写成已证实创新 |
+| 论文读取 Agent | PaperRecord、M05 OA/许可记录、全文或摘要 | 标准 ReadingCard、单次证据回答、InnovationCandidate | 把摘要推断写成全文事实；把候选写成已证实创新 |
 | 写作 Agent | 放行的阅读卡、证据、实验记录 | 论文草稿、修改/润色版本、缺口清单 | 新增无证据数字；把草稿标记为可发布 |
 | 审核 Agent | 候选、稿件、Evidence IDs | ReviewReport、Gate 建议、定向打回 | 修改证据后自批；越过人工外发 Gate |
 
@@ -56,6 +56,12 @@ LLM 是可选认知增强器，不是授权器。LLM 不可覆盖 GateDecision
 
 每个业务节点调用对应 Agent 的 LangGraph 子图。SQLite checkpointer 以 run_id 作为 thread_id。L4 节点调用 interrupt；恢复必须用同一个 run_id 和 Command(resume=...)。
 
+Paper Reader 是其中一个业务 Agent，不是解析器的别名。其子图逐篇调度阅读；PDF/TXT
+解析、checksum、block/locator 校验、EvidenceItem 持久化和 reader_cursor 更新均为确定性
+组件。配置 LLM 时，模型只提出绑定到既有 block 和逐字 quote 的结构化候选；代码验证
+block、quote 和 offset 后才允许形成 supported claim。普通节点异常使用同一 thread_id 的
+continue，人工 release interrupt 仍使用 Command(resume=...)。
+
 父状态只保留 typed state、稳定 ID、短诊断和不超过 2000 字符的 bounded_context。论文全文、完整聊天和大产物不进入 handoff。
 
 ## 5. 数据与持久化
@@ -67,6 +73,14 @@ LLM 是可选认知增强器，不是授权器。LLM 不可覆盖 GateDecision
 
 RecordStore 使用 kind + record_id 作为主键，project_id 和 partition_name 作为检索边界。关键操作同时写 append-only audit_events。
 
+M06 额外保存 ParsedDocument、DocumentBlock、ReaderDiagnostic 和 ReadingCard。ReadingCard 包含
+规范引用/版本/访问快照/全文 hash、研究问题与作者主张、方法和实验要素、关键结果、边界与失败、
+复现资源、idea 关系、创新分栏、待补读项及审核状态。M05 的 `fulltext_url` 只作为访问元数据，
+不会被 Reader 当成本地正文或触发下载。
+ReadingClaim 与 ClaimEvidenceBinding 当前嵌在 ReadingCard JSON 中，并不是可独立检索的规范记录。
+ParsedDocument/DocumentBlock 使用内容寻址 ID；ReadingCard 同时保留旧字段和嵌套的结构化
+claim map，以兼容现有 Writer/Reviewer 消费者。
+
 基础版 SQLite 适合本地开发和单进程验证。生产部署目标仍是 PostgreSQL/pgvector 规范源、对象存储大产物和可重建的 Neo4j 投影；当前代码没有把 SQLite 冒充该生产拓扑。
 
 ## 6. 运行边界

docs/FUNCTION_MATRIX.md

@@ -10,8 +10,9 @@
 | idea 深化 | 已实现 | OrchestratorAgent.scope | 可证伪问题、非目标、工作包 | 尚无领域专用模板库 |
 | 相关论文检索 | 已实现 | PaperSearchService | PaperRecord、题录证据、诊断 | 三个连接器已编码；默认关闭网络，live 质量未作为本地测试结论 |
 | 论文去重 | 已实现 | PaperSearchService._dedupe_key | DOI/标题归一结果 | 尚未实现预印本到期刊版本图 |
-| 论文总结 | 已实现 | PaperReaderService.read | ReadingCard、locator、置信度 | 结构化抽取为基础算法；图表/公式解析待增强 |
-| 阅读陪跑 | 已实现 | POST /papers/{id}/questions、ask-paper | ReadingAnswer、locator、evidence IDs | 只回答已供应文本；无材料时 unresolved=true |
+| 标准论文阅读卡 | 已实现 | PaperReaderService.read | 十项 ReadingCard、claim/evidence/locator、置信度 | 识别正文中的章节/表图标签；复杂表格、公式语义解析待开发 |
+| 单次论文证据问答 | 已实现 | POST /papers/{id}/questions、ask-paper | ReadingAnswer、locator、evidence IDs | 无会话、无章节 cursor；只回答已供应文本，不等同章节级陪读 |
+| 章节级阅读陪跑 | 未实现 | 独立功能块待定 | 章节 checkpoint、当前段落上下文、暂停/恢复 | 需项目负责人确认任务、会话合同及图表/公式依赖 |
 | 创新点挖掘 | 已实现 | PaperReaderService.mine_innovations | InnovationCandidate、反证测试 | 永远先标记 hypothesis，不自动宣称 novelty |
 | 工作量辅助 | 已实现 | WorkPackage、ExecutionService | 四类工作包、依赖、验收、状态 | 完成状态必须绑定有效证据；资源估算器待增强 |
 | 论文写作 | 已实现 | WriterAgent、WritingService.draft | MANUSCRIPT_DRAFT.md | 缺实验时 Results 固定为待真实实验 |