fix(claude-code): settings.json / CLAUDE.md を symlink からコピー配備に変更

[thinceller]

背景

~/.claude/settings.json が rebuild のたびに消える問題の修正。

home-manager が張る nix store への symlink は、store ファイルの mtime が 1970-01-01 固定のため、Claude Code のバックグラウンド housekeeping (retention cleanup) に「期限切れファイル」と判定されて symlink ごと削除される (cleanupPeriodDays = 9999 でも、古さ判定が stat で symlink を辿るため必ず期限切れになる)。fswatch で削除の瞬間と .last-cleanup 更新の一致を観測し、バイナリ内の cleanup 実装 (stat → mtime 比較 → unlink) も確認済み。2026-06〜07 に ~/.claude/CLAUDE.md (user memory) が消えていた件 (check-user-memory hook 導入の経緯) も同根。

また、read-only symlink のままでは Claude Code / デスクトップアプリからの設定書き込みも全て失敗していた (デスクトップアプリは /nix/store/...tmp への EACCES をログに記録、CLI の /config トグルは無反応)。

既知の関連報告 (nix store symlink の settings.json が壊れる件。auto-reference 回避のため code span):

• https://github.com/anthropics/claude-code/issues/52525 (sandbox 起動失敗、not planned でクローズ)
• https://github.com/anthropics/claude-code/issues/55485 (HM 管理下で設定変更不可)
• https://github.com/anthropics/claude-code/issues/15786 (多段 symlink で atomic write が EACCES)

変更内容

• deploy.nix (新規): upstream モジュールの home.file 配備を enable = false で無効化し、activation (linkGeneration 後) で settings.json / CLAUDE.md を通常ファイルとして install。前回配備内容を ~/.claude/.nix-deployed-* に baseline として保持し、Claude が実行時に書いた変更 (drift) があれば rebuild 時に *.drift へ退避して警告。claude-config-drift コマンドで baseline と現状の差分 (jq 正規化 diff) を確認し、dotfiles へ手で取り込める
• common.nix (新規): darwin (default.nix) と oberon (server.nix) で重複していた settings を共通化。両エントリはホスト固有差分のみに
• upstream の home-manager master (darwin) / release-25.11 (oberon) の home.file キー差異 (絶対/相対パス) は deploy.nix 内で吸収

検証

• nix build .#darwinConfigurations.kohei-m4-mac-mini.system --no-link ✅
• nix build .#darwinConfigurations.SC-N-843.system --no-link ✅
• nix eval --raw .#nixosConfigurations.oberon.config.system.build.toplevel.drvPath ✅
• nix fmt clean ✅
• 生成される settings.json / CLAUDE.md の内容は全ホストで変更前と同一 (store path 一致で確認: a1jy259c…-claude-code-settings.json 等)
• 新 generation の home-files/.claude/ から settings.json / CLAUDE.md が消え、activate に claudeDeploy 呼び出しが入ることを確認

🤖 Generated with Claude Code

[github-actions]

Nix Diff

Compare changes

kohei-m4-mac-mini

Attribute: darwinConfigurations.kohei-m4-mac-mini.system

Diff Output

<<< /nix/store/9ygx0z9x61i1ll4v7yz81s61gw2xhjbh-darwin-system-26.11.d8a6661.drv
>>> /nix/store/8w7ka7fidic8ldzsx8igw7l3p2saycsm-darwin-system-26.11.d8a6661.drv

ADDED
[A.] claude-config-drift                  <none>
[A.] claude-config-drift-fish-completions <none>
[A.] user-memory.md                       <none>

REMOVED
[R.] hm_usermemory.md                     <none>

PATHS: 14368 -> 14370 (+18, -16)
SIZE: 399 MiB -> 399 MiB
DIFF: 8.59 KiB

SC-N-843

Attribute: darwinConfigurations.SC-N-843.system

Diff Output

<<< /nix/store/wl6l4zhydb903ipi33ksn136k8q7dl56-darwin-system-26.11.d8a6661.drv
>>> /nix/store/sfpjs4xi36bqv8n06kcsqyfy45i355q3-darwin-system-26.11.d8a6661.drv

ADDED
[A.] claude-config-drift                  <none>
[A.] claude-config-drift-fish-completions <none>
[A.] user-memory.md                       <none>

REMOVED
[R.] hm_usermemory.md                     <none>

PATHS: 12656 -> 12658 (+18, -16)
SIZE: 280 MiB -> 280 MiB
DIFF: 8.59 KiB

📄 View diff as HTML in the Artifacts section

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_{Generated by nix-diff-action using dix}