Oscar Alexis Quintero López · Bioinformático · Bogotá, Colombia 🇨🇴
De las secuencias a los sistemas: código para explorar la vida.
Trabajo en genómica, biología de sistemas y reproducibilidad computacional. Construyo flujos de análisis y herramientas para pasar de datos biológicos a resultados que se puedan explorar, entender y volver a obtener.
- Genomas y transcriptomas: ensamblaje, anotación y análisis de datos de secuenciación.
- Metabolismo como sistema: reconstrucción de modelos a escala genómica y análisis de flujos.
- Ciencia reproducible: código versionado, entornos aislados y flujos de trabajo automatizados.
- Herramientas abiertas: aplicaciones que conectan preguntas del laboratorio con soluciones computacionales.
Mi formación combina la Maestría en Bioinformática de la Universidad Nacional de Colombia y la Licenciatura en Biología de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas.
| Área | Herramientas |
|---|---|
| Programación y datos | Python · R · Bash · SQL · Jupyter |
| Bioinformática | RNA-seq · BLAST+ · BWA/Bowtie2 · BUSCO · FastQC/MultiQC |
| Biología de sistemas | COBRApy · SBML · KEGG · MEMOTE · FBA/FVA |
| Reproducibilidad y cómputo | Git · Snakemake · Nextflow · Conda · Docker · Linux · SLURM |
| Proyecto | De qué va |
|---|---|
| 🧬 Editor de vectores | Simular clonación, cortes y ligación; explorar el plásmido resultante sin sacar las secuencias del navegador. Pruébalo ↗ |
| 🤖 GenomeAgent | Agente para explorar estrategias de ensamblaje genómico bajo restricciones de recursos, con validación y registro de procedencia. En desarrollo activo. |
| 🥔 Genómica de la papa criolla | Mi tesis de maestría: ensamblaje y anotación del genoma de la variedad Colombia y reconstrucción de un modelo metabólico. |
| 🧪 Pipeline de RNA-seq | Mi trabajo de grado sobre un flujo de análisis de RNA-seq para papa criolla. |
Más investigación, herramientas y notas en oquinterol.com — en español e inglés.
¿Trabajas en genómica, modelos metabólicos o herramientas para investigación? Hablemos.
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💻 Sobre este repositorio: mi sitio personal
Además de este README de perfil, aquí vive el código de oquinterol.com, construido con Astro. El sitio se despliega automáticamente a GitHub Pages desde main mediante GitHub Actions.
Usa Node.js 22 y pnpm 11.2.2, las mismas versiones del flujo de despliegue.
pnpm install
pnpm devpnpm run format:check
pnpm run lint:check
pnpm run build
pnpm run verify:site