重构 PatchModule：200 行五态构造器拆为命名构造器，god module 按职责分层

[SongshGeo]

现象

abses/space/patch.py 是全包最大的模块（约 1000 行），PatchModule 一个类就有 37 个方法，混了六类职责；其中 __init__ 是一个 200 行、25 个分支的五态构造器。

证据

__init__ 按五种互斥入参分派：

入参	含义
raster_file	从栅格文件建
vector_file	从矢量文件 / GeoDataFrame 建
xda	从 xarray DataArray 建
source_layer	复制已有图层
shape + resolution	从形状与分辨率建

五个分支互不共享状态，最后都汇到同一个 RasterLayer.__init__ 调用。签名里挤了 15 个关键字参数，docstring 只好用 # Resolution-based creation parameters 这种注释来分组——这本身就是「这里应该是五个函数」的信号。

分支里还有三处逐字重复的向后兼容块：

# In 0.7.x, providing attr_name automatically applied the raster data
if attr_name is not None:
    apply_raster = True

出现在 raster / vector / xarray 三个分支里，一模一样。

类的六类职责：

职责	大致范围
A. 构造 / 栅格读入	__init__
B. mesa-geo 兼容补丁	_update_transform、_initialize_cells、__getattr__
C. 格子存储 / 缓存 / 索引	cells_lst、mask、cells、array_cells、coords、__getitem__、coord_iter
D. 栅格属性 I/O	_attr_or_array、dynamic_var、get_xarray、_add_attribute、_add_dataarray、apply_raster、get_raster、reproject
E. 空间查询 / 选择	_select_by_geometry、select/sel、get_neighboring_cells、get_neighboring_by_indices、indices_out_of_bounds、transform_coord
F. 主体聚合统计	apply、count_agents、apply_agents（apply_agents 一个方法 106 行、含 3 个嵌套闭包）

建议的切分顺序（按风险从低到高）

1. A → abses/space/patch_factory.py：五个自由函数 from_raster_file() / from_vector() / from_xarray() / from_layer() / from_shape()，各自返回统一的 (width, height, crs, total_bounds, xda)；__init__ 收缩成约 30 行的分派器。这是最干净的缝——五个分支零耦合。顺带消掉上面那三份重复的兼容块。
2. F → 独立模块或 PatchModule.agents 访问器：count_agents / apply_agents 本质上是 (module, agent_type/func) 的纯函数。（注意 apply_agents 的静默吞异常问题另见 空间热路径四处静默错误：整数栅格掩膜失效 / apply_raster 无 else / mask 缓存不失效 / apply_agents 吞异常成 NaN #153。）
3. D → 一个 RasterAttributeStore 协作对象：这组方法只操作 self._attributes + self.array_cells，是个闭合集合。
4. E → abses/space/selection.py：select 已经把一半工作委托给了 cells_lst.select，等于半抽出来了。

B 和 C 建议留在 patch.py——那才是真正的 mesa-geo 集成面。

顺带需要处理的两个缺陷

绑定方法上的 lru_cache：

@functools.lru_cache(maxsize=1000)
def get_neighboring_by_indices(self, indices, moore, ...):

缓存挂在类上、键里含 self，会为整个进程强引用最多 1000 个 PatchModule（Experiment 重复运行下就是内存泄漏），而且把同一个可变 ActorsList 发给所有调用方。建议改用实例级缓存并返回不可变副本。

用 assert 做输入校验：构造器路径上有 assert isinstance(resolution, ...)、assert width is None and height is None 等。python -O 下会被剥掉，公开构造器不该依赖它。改成显式 raise ValueError/TypeError。

验收标准

• PatchModule.__init__ 缩到 50 行以内。
• 五种构造方式各有一个命名构造器和对应测试（现在 patch.py 82% 的覆盖率只由 tests/api/test_nature.py 间接支撑，没有专门的测试文件）。
• 旧的关键字入参路径保持可用（或按弃用流程标注，见 建立弃用策略：给每条 DeprecationWarning 写明移除版本，并收敛版本号来源 + 加 dependabot #162）。
• get_neighboring_by_indices 不再跨模型实例持有引用。
• 构造器路径上的 assert 全部换成显式异常。
• 改动到的文件里，注释与 docstring 统一为英文。