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论文 v1 的科研流程实现：limitations/种子 → 子集基线与候选筛选 → 全量验证/工程改进 → 历史驱动想法进化 → 最佳选择 → 完整消融 → PaperOrchestra 写作 → ScholarPeer 审稿/全部补实验 → meta review、严格改进与旧最佳保留 → CoE 核验和导出。
首轮候选数按用户要求为 3。种子池默认 6；最多 4轮（含首轮），后续每轮 1个进化候选 + 1个未评种子，累计 4个 full Good 提前停止。零成功会明确退出，不生成论文。
配置及未公开参数的取值来源见 执行协议。允许模型/工具能力替换，所有必需阶段与失败分支均保留。论文未公开的 prompt、依赖 commit 和轮数口径不能声称已恢复成作者原实验配置；本例固定公开参考版本并显式标注解释。它也不保证论文数值结果或实际会议接受。
本目录仅提供静态流程文件与资源。Web 用户按手动使用说明导出副本，再通过主页通用 JSON 导入入口查看和使用；补全需求与真实网关后自行启动。SDK 运行见 SDK 分支指南。
CAPABILITIES.json 列出全部角色、参数及替换；逐项核对 给出论文来源和对应关系。48 个执行角色加 Main，其中包含独立的写作、审稿、完整性检查角色。Main 只读持久状态机调度，不代替科学判断；无 workflow Evolver。
随附 PaperOrchestra 官方固定版本的完整角色源码/prompt/原子工具与 ICLR2025 模板、ScholarPeer v2 Appendix G 全部 prompt，见 来源/哈希清单。上游自治入口只作审计参考，不作为黑盒执行。
python -m unittest discover -s example/tests -p 'test_scientist_two.py' -v测试覆盖控制分支、预算、全部计划/问答执行、稿件/最佳版本保留、证据变更拒绝、幂等恢复，以及 SDK 实际加载与 Skill 搬运。它们是离线协议测试，尚未执行真实模型、GPU实验或完整科学结果复现。终止状态区分 no_successful_idea、meta_accept、retained_previous_best、meta_budget_exhausted，不会把完成调度都记成接受。
通过主页通用 JSON 导入入口查看的实际前端截图；仅展示配置，未连接模型或执行研究。节点较多时，请导入 JSON 后缩放阅读。
