重构会话持久化：改为 SQLite 增量存储并移除 JSON 快照写入

docs/session-persistence-design.md

@@ -2,106 +2,144 @@
 
 ## 模块职责与边界
 
-- `internal/session` 是会话领域模型、存储抽象与 JSON 持久化实现的唯一归属层。
-- `internal/runtime` 负责决定保存时机、恢复会话状态和编排主循环，不承载文件存储细节。
-- `internal/tui` 只消费 runtime 暴露的会话数据，不直接读写会话文件。
+- `internal/session` 是会话领域模型、SQLite 存储实现和资产持久化的唯一归属层。
+- `internal/runtime` 只决定何时创建会话、追加消息、更新会话头和替换 transcript，不关心底层表结构。
+- `internal/tui` 只消费 runtime 暴露的会话数据，不直接读取数据库或资产文件。
 
 ## 存储策略
 
-NeoCode 当前使用本地 JSON 文件持久化会话，以保持实现简单、可调试且跨平台可移植。
+NeoCode 当前使用工作区级 SQLite 数据库持久化会话，不再使用 `session.json` 文件。
 
-- 默认目录按工作区隔离：`~/.neocode/projects/<workspace-hash>/sessions/`
-- 工作区哈希基于启动阶段确定的工作区根目录生成
-- `session.Workdir` 表示会话最近一次运行实际使用的目录，由启动 `workdir` 或请求级覆盖值写回，但不参与分桶
-- 旧的全局 `~/.neocode/sessions/` 开发期数据不迁移、不回读
+- 数据库路径：`~/.neocode/projects/<workspace-hash>/session.db`
+- 资产目录：`~/.neocode/projects/<workspace-hash>/assets/<session-id>/<asset-id>.bin`
+- 工作区哈希基于启动时确定的工作区根目录生成
+- `session.Workdir` 记录该会话最近一次运行实际使用的目录，但不参与分桶
+- 开发阶段遗留的旧 `sessions/` JSON 目录不迁移、不回读、不兼容
+
+SQLite 初始化固定使用以下 PRAGMA：
+
+- `journal_mode = WAL`
+- `synchronous = NORMAL`
+- `foreign_keys = ON`
+- `busy_timeout = 5000`
+- `user_version = 1`
 
 ## 数据模型
 
-`internal/session.Session` 持久化以下核心字段：
+### sessions
+
+会话头保存摘要和 durable 状态：
 
-- `schema_version`
-- `id`、`title`
-- `provider`、`model`
-- `created_at`、`updated_at`
+- `id`
+- `title`
+- `created_at_ms`
+- `updated_at_ms`
+- `provider`
+- `model`
 - `workdir`
-- `task_state`
-- `todos`
-- `messages`
+- `task_state_json`
+- `todos_json`
+- `activated_skills_json`
 - `token_input_total`
 - `token_output_total`
+- `last_seq`
+- `message_count`
 
-其中：
+### messages
 
-- `schema_version` 为开发期强校验字段；当前实现只接受当前版本，不兼容旧 session 文件
-- `provider` / `model` 记录最近一次成功运行会话时使用的配置，供 compact 等流程优先复用
-- `task_state` 是会话级 durable task state，由 runtime 维护、session 持久化、context 只读投影
-- `token_input_total` / `token_output_total` 分别表示会话累计输入与输出 token
-- token 字段仍使用 `omitempty`，但不再承担旧版 session JSON 兼容职责
+消息正文按行存储，一条消息对应一行：
 
-`internal/session.Summary` 只保留会话列表渲染所需的轻量字段，不加载完整消息历史。
+- `session_id`
+- `seq`
+- `role`
+- `parts_json`
+- `tool_calls_json`
+- `tool_call_id`
+- `is_error`
+- `tool_metadata_json`
+- `created_at_ms`
 
-`task_state` 固定包含以下字段：
+### session_assets
 
-- `goal`
-- `progress`
-- `open_items`
-- `next_step`
-- `blockers`
-- `key_artifacts`
-- `decisions`
-- `user_constraints`
-- `last_updated_at`
+资产元数据入库，二进制内容落盘：
 
-`todos` 固定包含以下要点：
 - `id`
-- `content`
-- `status`
-- `dependencies`
-- `created_at`
-- `updated_at`
-- 可选 `priority`
+- `session_id`
+- `mime_type`
+- `size_bytes`
+- `relative_path`
+- `created_at_ms`
+
+## 运行时读写语义
+
+### 创建会话
+
+runtime 在新会话开始时调用 `CreateSession`，只写入一条空会话头，不写消息正文。
+
+### 追加消息
+
+runtime 在以下时机调用 `AppendMessages`：
+
+- 用户消息提交后
+- assistant 完整回复后
+- 每个 tool result 完成后
+
+一次调用会在同一事务内完成两件事：
+
+- 追加 1..N 条消息
+- 更新会话头上的 `updated_at`、`provider`、`model`、`workdir`、token 增量和消息计数
+
+因此常规写入不再与历史消息总量线性耦合。
+
+### 更新会话头
+
+runtime 在以下场景调用 `UpdateSessionState`：
+
+- workdir 变更
+- task_state 变更
+- todo 列表变更
+- skill 激活状态变更
+- assistant 本轮没有正文，但 provider/model 或 token 统计发生变化
+
+该操作不写消息，只覆盖会话头字段。
 
-其中 `status` 当前固定为：
-- `pending`
-- `in_progress`
-- `completed`
+### 替换 transcript
 
-同时，当 session JSON 缺失 `todos` 字段时，`Load` 会按空 Todo 列表兼容加载。
+compact 成功后，runtime 调用 `ReplaceTranscript`，在单事务内：
 
-## 读写行为
+- 删除该会话原有全部消息
+- 按新顺序写回 compact 后的消息
+- 同步更新 `task_state`、token 统计、provider/model/workdir 和消息计数
 
-- `Save` 使用“临时文件 + 原子替换”写入完整会话 JSON
-- `Load` 在用户真正进入某个会话时读取完整历史，并严格要求 `schema_version` 与 `task_state` 字段存在
-- `ListSummaries` 只解析摘要字段，并按 `updated_at` 倒序返回；不合法的旧 session 文件会被直接跳过
+这是低频路径，允许重写整段 transcript。
 
-## Token 计数持久化
+### 加载会话
 
-- runtime 在 provider 调用完成后更新 session 的累计 token 字段
-- 会话保存时，token 计数随 session 一起持久化
-- 会话重新加载时，runtime 从 session 恢复累计 token
-- 自动 compact 成功后，runtime 会重置累计 token，并将重置后的值持久化
+- `ListSummaries` 只查询 `sessions` 表，并按 `updated_at` 倒序返回摘要
+- `LoadSession` 先读取会话头，再按 `seq` 顺序加载消息并组装完整 `Session`
 
-## TaskState 与 compact
+## Token 持久化
 
-- `TaskState` 是继续执行多轮任务时的唯一 durable truth，不依赖聊天消息本身长期保存
-- compact 成功后，runtime 会同时回写 `session.TaskState` 和压缩后的 `session.Messages`
-- `messages` 中的 `[compact_summary]` 只是展示层，不再是唯一续航载体
-- context 构建时会优先注入 `TaskState`，再注入 memo、最近消息和必要工具结果
-- 只有当 `TaskState` 已建立后，读时 micro compact 才允许清理旧的可重建 tool payload
+- runtime 在 assistant 调用完成后累计输入和输出 token
+- `AppendMessages` 可以原子地追加消息并累加 token
+- `UpdateSessionState` 和 `ReplaceTranscript` 可以直接覆盖 token 总量
+- compact 成功后，runtime 会将 token 总量重置为 0 并持久化
 
-## 保存时机
+## TaskState 与 Todo
 
-- 用户消息提交后保存
-- assistant 完整回复后保存
-- 每个工具结果完成后保存
-- 避免在高频 UI 刷新路径中直接做磁盘 I/O
+- `TaskState` 是 compact 与多轮续航依赖的 durable summary
+- `Todo` 是结构化任务状态，独立持久化在 `sessions.todos_json`
+- 二者都属于会话头，不写入 `messages` 表
+- context 构建时优先读取 `TaskState`、`Todo`、最近消息和必要工具结果
 
 ## 并发约束
 
-- `internal/session` 的存储实现自行保护共享访问
-- 保存时机统一由 runtime 决定，TUI 不直接触发磁盘写入
+- SQLite 负责单工作区数据库的一致性和事务边界
+- runtime 继续通过会话锁串行化同一 session 的关键写入路径
+- 不同 session 可以并行运行
 
 ## 演进约束
 
-- 新增存储实现时，应优先在 `internal/session` 内扩展并通过接口注入
-- 不应把持久化逻辑重新分散到 `runtime`、`tui` 或其他上层模块
+- 新增持久化行为时，优先扩展 `internal/session.Store` 的意图型接口
+- 不要把 SQL、事务或表结构细节泄漏到 `runtime`、`tui` 或其他上层模块
+- 如需进一步优化读路径，应继续在 `internal/session` 内演进，而不是重新引入文件级快照保存

docs/session-todo-design.md

@@ -1,47 +1,60 @@
 # Session Todo 设计说明
 
-本文档补充说明 `internal/session` 中 Todo 的数据模型、持久化语义与边界约束。
+本文档补充说明 `internal/session` 中 Todo 的数据模型、持久化语义和边界约束。
 
 ## 设计目标
 
-- Todo 归属于 `Session`，不单独引入新的持久化子系统。
-- Todo 只表示结构化待办状态，不替代现有 `TaskState`。
-- Todo 的校验、规范化和基础增删改查统一收敛在 `internal/session`。
+- Todo 归属于 `Session`，不单独引入新的持久化子系统
+- Todo 只表示结构化待办状态，不替代 `TaskState`
+- Todo 的校验、规范化和基础增删改查统一收敛在 `internal/session`
 
 ## 数据模型
 
-`Session` 新增 `todos` 字段，对应 `[]TodoItem`。
+`Session` 包含 `Todos []TodoItem` 字段。
 
-单个 `TodoItem` 目前包含：
+单个 `TodoItem` 当前包含：
 
 - `id`
 - `content`
 - `status`
 - `dependencies`
+- `priority`
+- `owner_type`
+- `owner_id`
+- `artifacts`
+- `failure_reason`
+- `revision`
 - `created_at`
 - `updated_at`
-- 可选 `priority`
 
-其中 `status` 固定为以下三个值：
+其中 `status` 当前固定为：
 
 - `pending`
 - `in_progress`
 - `completed`
+- `failed`
 
 ## 持久化语义
 
-- Todo 跟随 `Session` 一起通过现有 JSONStore 保存和加载。
-- `Save` 前会对 Todo 执行统一规范化与校验：
-  - `id`、`content` 去空白
-  - 空状态默认收敛为 `pending`
-  - `dependencies` 去空白、去重、保持顺序
-  - 拒绝重复 ID
-  - 拒绝自依赖
-  - 拒绝引用不存在的依赖项
-- `Load` 允许 session JSON 缺失 `todos` 字段，并按空 Todo 列表处理。
+- Todo 跟随会话头一起保存在 SQLite `sessions.todos_json`
+- runtime 修改 Todo 时只调用 `UpdateSessionState`，不会写入 `messages` 表
+- `LoadSession` 时会把 `todos_json` 还原为完整 `[]TodoItem`
+
+## 规范化与校验
+
+写入前会统一执行 Todo 校验和规范化，包括：
+
+- `id`、`content` 去空白
+- 空状态收敛为 `pending`
+- `dependencies` 去空白、去重并保持顺序
+- 拒绝重复 ID
+- 拒绝自依赖
+- 拒绝引用不存在的依赖项
+- 使用 `revision` 保障更新时的乐观并发校验
 
 ## 与 TaskState 的关系
 
-- `TaskState` 仍是 runtime/context 用于 compact 与续航的 durable summary。
-- `Todo` 是更细粒度的结构化状态，不直接注入 context，不写入消息历史。
-- 如果未来需要收敛两者关系，应通过单独演进，让 `TaskState` 从 `Todo` 派生摘要，而不是直接复用同一字段。
+- `TaskState` 仍是 runtime/context 用于 compact 和续航的 durable summary
+- `Todo` 是更细粒度的结构化执行状态
+- `Todo` 不直接拼入模型消息历史
+- 如需让 `TaskState` 汇总 Todo，应在 runtime/context 层显式投影，而不是复用同一个字段

go.mod

@@ -3,26 +3,28 @@ module neo-code
 go 1.25.0
 
 require (
+	github.com/Microsoft/go-winio v0.6.2
+	github.com/atotto/clipboard v0.1.4
 	github.com/charmbracelet/bubbles v1.0.0
 	github.com/charmbracelet/bubbletea v1.3.10
 	github.com/charmbracelet/glamour v1.0.0
 	github.com/charmbracelet/lipgloss v1.1.1-0.20250404203927-76690c660834
 	github.com/creativeprojects/go-selfupdate v1.5.2
+	github.com/prometheus/client_golang v1.23.2
 	github.com/spf13/cobra v1.10.2
 	github.com/spf13/viper v1.21.0
 	golang.design/x/clipboard v0.7.1
 	golang.org/x/net v0.52.0
 	golang.org/x/sys v0.42.0
 	gopkg.in/yaml.v3 v3.0.1
+	modernc.org/sqlite v1.48.2
 )
 
 require (
 	code.gitea.io/sdk/gitea v0.22.1 // indirect
 	github.com/42wim/httpsig v1.2.3 // indirect
 	github.com/Masterminds/semver/v3 v3.4.0 // indirect
-	github.com/Microsoft/go-winio v0.6.2 // indirect
 	github.com/alecthomas/chroma/v2 v2.20.0 // indirect
-	github.com/atotto/clipboard v0.1.4 // indirect
 	github.com/aymanbagabas/go-osc52/v2 v2.0.1 // indirect
 	github.com/aymerick/douceur v0.2.0 // indirect
 	github.com/beorn7/perks v1.0.1 // indirect
@@ -44,6 +46,7 @@ require (
 	github.com/go-viper/mapstructure/v2 v2.4.0 // indirect
 	github.com/google/go-github/v74 v74.0.0 // indirect
 	github.com/google/go-querystring v1.1.0 // indirect
+	github.com/google/uuid v1.6.0 // indirect
 	github.com/gorilla/css v1.0.1 // indirect
 	github.com/hashicorp/go-cleanhttp v0.5.2 // indirect
 	github.com/hashicorp/go-retryablehttp v0.7.8 // indirect
@@ -59,11 +62,12 @@ require (
 	github.com/muesli/reflow v0.3.0 // indirect
 	github.com/muesli/termenv v0.16.0 // indirect
 	github.com/munnerz/goautoneg v0.0.0-20191010083416-a7dc8b61c822 // indirect
+	github.com/ncruces/go-strftime v1.0.0 // indirect
 	github.com/pelletier/go-toml/v2 v2.2.4 // indirect
-	github.com/prometheus/client_golang v1.23.2 // indirect
 	github.com/prometheus/client_model v0.6.2 // indirect
 	github.com/prometheus/common v0.66.1 // indirect
 	github.com/prometheus/procfs v0.16.1 // indirect
+	github.com/remyoudompheng/bigfft v0.0.0-20230129092748-24d4a6f8daec // indirect
 	github.com/rivo/uniseg v0.4.7 // indirect
 	github.com/sagikazarmark/locafero v0.11.0 // indirect
 	github.com/sahilm/fuzzy v0.1.1 // indirect
@@ -88,4 +92,7 @@ require (
 	golang.org/x/text v0.35.0 // indirect
 	golang.org/x/time v0.14.0 // indirect
 	google.golang.org/protobuf v1.36.11 // indirect
+	modernc.org/libc v1.70.0 // indirect
+	modernc.org/mathutil v1.7.1 // indirect
+	modernc.org/memory v1.11.0 // indirect
 )