index.xml

<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?>
<rss version="2.0" xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom">
  <channel>
    <title>About on </title>
    <link>https://with9.github.io/</link>
    <description>Recent content in About on </description>
    <generator>Hugo -- gohugo.io</generator>
    <language>en</language>
    <lastBuildDate>Thu, 16 Apr 2020 21:38:52 +0800</lastBuildDate>
    
	<atom:link href="https://with9.github.io/index.xml" rel="self" type="application/rss+xml" />
    
    
    <item>
      <title>About</title>
      <link>https://with9.github.io/about/</link>
      <pubDate>Thu, 16 Apr 2020 21:38:52 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/about/</guid>
      <description>

&lt;h1 class=&#34;relative group&#34;&gt;关于咱 
    &lt;div id=&#34;%E5%85%B3%E4%BA%8E%E5%92%B1&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E5%85%B3%E4%BA%8E%E5%92%B1&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h1&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;吾辈id:with ∅&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;Email:dc198424601@outlook.com #杂糅了两本书,大家可以猜猜看是哪两本&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;span class=&#34;spoiler&#34; title=&#34;由于安全/剧透原因，此处已隐藏&#34; style=&#34;background-color: black; color: black;&#34; onmouseover=&#34;this.style.color=&#39;white&#39;&#34; onmouseout=&#34;this.style.color=&#39;black&#39;&#34;&gt;
    喜欢道家,道德经爱好者,目前背诵进度40%
&lt;/span&gt;&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;绝赞学琴中（&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;Arch邪教成员&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;喜欢宅系文化&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;愿优雅而纯粹的活着&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h1 class=&#34;relative group&#34;&gt;关于小站 
    &lt;div id=&#34;%E5%85%B3%E4%BA%8E%E5%B0%8F%E7%AB%99&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E5%85%B3%E4%BA%8E%E5%B0%8F%E7%AB%99&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h1&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;记录一些杂事&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;记录一些读后感&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;del&gt;偶尔翻译一些觉得很有意思的文章,顺便锻炼一下英语&lt;/del&gt;&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;a href=&#34;post/read/&#34;  &gt;
    BFA&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h1 class=&#34;relative group&#34;&gt;猫兄 
    &lt;div id=&#34;%E7%8C%AB%E5%85%84&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E7%8C%AB%E5%85%84&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h1&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/my_cat.jpg&#34; alt=&#34; &#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>scroll实现带缩放的master（一步/台前调度）布局</title>
      <link>https://with9.github.io/post/scroll-scale-master/</link>
      <pubDate>Fri, 27 Mar 2026 20:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/scroll-scale-master/</guid>
      <description>&lt;p&gt;Scroll 作者在讨论中提供过一个 &lt;a href=&#34;https://github.com/dawsers/scroll/discussions/48#discussioncomment-13803697&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    master 布局的示例&lt;/a&gt;。所谓的 Master 布局，核心逻辑就是将屏幕划分为两个区域：一边是占据大部分空间的“主窗口（Master）”，另一边是堆叠在一起的“从属窗口（Stack）”。但侧边的 Stack 窗口如果多了，每个窗口只能分到极窄的空间，除了看个标题，几乎感知不到内容。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;有一天在折腾配置时突发奇想：之前各大厂商（锤子的“一步”、苹果的台前调度）都在推崇的那种“侧边缩略图”模式，其本质不就是 Master 布局 + 内容缩放 吗？，正好scroll有提供任意缩放内容的命令&lt;code&gt;scale_content&lt;/code&gt;。如果能让侧边的 Stack 窗口按比例缩小，既能看清内容预览，又不占用主屏的逻辑空间，这不就很棒？&lt;/p&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-diff&#34; data-lang=&#34;diff&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gu&#34;&gt;44c44,45
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gu&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gd&#34;&gt;&amp;lt;       scroll.command(con, &amp;#34;set_size h 0.5; move right nomode&amp;#34;)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gd&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gs&#34;&gt;---
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gs&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&amp;gt;       scroll.command(con, &amp;#34;set_size h 0.3; move right nomode&amp;#34;)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&amp;gt;       scroll.command(con, &amp;#34;scale_content exact 0.5&amp;#34;)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gu&#34;&gt;51c52,53
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gu&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gd&#34;&gt;&amp;lt;   scroll.command(scroll.view_get_container(views[1]), &amp;#34;set_size h 0.5; set_size v 1.0; focus&amp;#34;)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gd&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gs&#34;&gt;---
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gs&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&amp;gt;   scroll.command(scroll.view_get_container(views[1]), &amp;#34;set_size h 0.7; set_size v 1.0; focus&amp;#34;)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&amp;gt;   scroll.command(scroll.view_get_container(views[1]), &amp;#34;scale_content exact 1.0&amp;#34;)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gu&#34;&gt;70a73,75
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gu&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&amp;gt; 	local focused_view = scroll.focused_view()
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&amp;gt;   local focused_con = scroll.view_get_container(focused_view)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&amp;gt;   scroll.command(focused_con, &amp;#34;scale_content exact 1.0&amp;#34;)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gu&#34;&gt;78a84,85
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gu&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&amp;gt;   scroll.command(container, &amp;#34;scale_content exact 0.5&amp;#34;)
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;gi&#34;&gt;&lt;/span&gt;&amp;gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;p&gt;折腾完发现咱需要的并不是真的master布局，与其维护复杂的 Master 逻辑，不如直接缩放具体的某一列。这样就可以兼容其他布局啦。以下是建议的配置。为了方便直接变成master布局所以还是保留了原脚本。脚本存储在&lt;a href=&#34;https://gitlab.com/dc198424601/dotfiles/-/raw/main/scroll/.config/scroll/scripts/scale_2.lua?ref_type=heads&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    配置仓库&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;pre tabindex=&#34;0&#34;&gt;&lt;code&gt;mode &amp;#34;master&amp;#34; {
  bindsym t exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/master.lua toggle; mode default
  bindsym r exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/scale_2.lua run; mode default
  bindsym u exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/scale_2.lua undo; mode default
  bindsym s exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/scale_2.lua swap; mode default
  bindsym Escape mode &amp;#34;default&amp;#34;
}
bindsym $mod+o mode &amp;#34;master&amp;#34;
bindsym --whole-window $mod+button2 exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/scale_2.lua swap
&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;video width=100% controls&gt;
    &lt;source src=&#34;https://with9.github.io/img/scroll-scale-master/master_scale.mp4&#34; type=&#34;video/webm&#34;&gt;  
&lt;/video&gt;</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>Linux下用bottles运行悬疑民俗大作 死月妖花～四月八日 汉化版的方法</title>
      <link>https://with9.github.io/post/linux_shigatsu/</link>
      <pubDate>Thu, 05 Mar 2026 00:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/linux_shigatsu/</guid>
      <description>

&lt;h1 class=&#34;relative group&#34;&gt;运行原版 
    &lt;div id=&#34;%E8%BF%90%E8%A1%8C%E5%8E%9F%E7%89%88&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E8%BF%90%E8%A1%8C%E5%8E%9F%E7%89%88&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h1&gt;
&lt;p&gt;游戏下载: &lt;a href=&#34;https://www.freem.ne.jp/dl/win/19917&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    死月妖花～四月八日～&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;安装配置bottles，必须用flatpak版本的，非flatpak安装会无法运行游戏，咱目前不清楚具体原因。&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;&lt;code&gt;flatpak install com.usebottles.bottles &lt;/code&gt;&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;code&gt;flatpak config --set extra-languages ja&lt;/code&gt; 与之后配置的LC_ALL环境变量有关&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;code&gt;flatpak update&lt;/code&gt; 会自动安装一些locale相关的包&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;新建bottles&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;选择自定义32位架构，运行器选择 &lt;code&gt;soda-7.0&lt;/code&gt;&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;安装&lt;code&gt;cjkfonts&lt;/code&gt; 或复制 &lt;code&gt;msgothic.ttc&lt;/code&gt; 到环境的 &lt;code&gt;drive_c/windows/Fonts/&lt;/code&gt; 下&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;环境变量: &lt;code&gt;LC_ALL=ja_JP.UTF-8&lt;/code&gt;&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/linux_shigatsu/final.png&#34; alt=&#34;image-orignal&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h1 class=&#34;relative group&#34;&gt;汉化安装与配置 
    &lt;div id=&#34;%E6%B1%89%E5%8C%96%E5%AE%89%E8%A3%85%E4%B8%8E%E9%85%8D%E7%BD%AE&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E6%B1%89%E5%8C%96%E5%AE%89%E8%A3%85%E4%B8%8E%E9%85%8D%E7%BD%AE&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h1&gt;
&lt;p&gt;汉化补丁下载参考该专栏: &lt;a href=&#34;https://www.bilibili.com/opus/974061242350043142&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    死月妖花～四月八日～ AI汉化补丁&lt;/a&gt;，先将补丁内文件复制到本体游戏文件夹内。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;伪装字体&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;该汉化补丁通过 StringReloads 劫持游戏的 DSOUND.dll 实现字体替换。折腾过程中发现：&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;Soda 9.0 (32-bit) 环境下，配合 dotnet48 与 quartz，通过配置 dsound (n,b) 可以成功加载汉化补丁并实现字体替换。但由于 quartz 与游戏过场动画存在兼容性问题，导致序章结束时卡死。&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;Soda 7.0 (32-bit) 虽然能绕过卡死，却无法正常加载汉化字体。在尝试注册表替换等多种手段均告失败（表现为加载补丁字体即黑屏）后，发现利用 FontForge 脚本将原版 MS UI Gothic 的元数据注入到补丁字体中就可以正常运行了，下面的代码是gemini帮忙写的。&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-python&#34; data-lang=&#34;python&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;# by gemini&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;kn&#34;&gt;import&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nn&#34;&gt;fontforge&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;kn&#34;&gt;from&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nn&#34;&gt;fontTools.ttLib&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kn&#34;&gt;import&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;TTCollection&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;# 1. 打开母本&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;collection&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;TTCollection&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;msgothic.ttc&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;#https://github.com/FSKiller/Microsoft-Fonts/raw/refs/heads/main/msgothic.ttc&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base_font&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;collection&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;fonts&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;[&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;]&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;#MS UI Gothic&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base_font&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;save&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;MSUIGothic.ttf&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;fontforge&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;open&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;MSUIGothic.ttf&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;# 2. 打开字形来源&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;fontforge&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;open&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;MSPGothic.otf&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;# 2. 劫持基础标识信息&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;fontname&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;fontname&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;fullname&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;fullname&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;familyname&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;familyname&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;version&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;version&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;copyright&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;copyright&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;# 3. 深度劫持 OS/2 表和头信息&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;# 拷贝 Ascent/Descent 确保排版一致&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;ascent&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;ascent&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;descent&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;descent&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;upos&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;upos&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;uwidth&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;uwidth&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;# 4. 劫持所有的 Name Records&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;sfnt_names&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;sfnt_names&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;generate&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;msgothic_patched.ttf&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;base&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;close&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;()&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;source&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;close&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;()&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;p&gt;配置 bottles 环境&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;选择自定义32位架构，运行器选择 &lt;code&gt;soda-7.0&lt;/code&gt;&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;code&gt;msgothic_patched.ttf&lt;/code&gt; 字体文件复制到环境的 &lt;code&gt;drive_c/windows/Fonts/&lt;/code&gt; 下&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;环境变量: &lt;code&gt;LC_ALL=ja_JP.UTF-8&lt;/code&gt;&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;点击 bottles 内的浏览，将包含补丁文件在内的游戏目录移动到 bottle 内的 &lt;code&gt;drive_c/Program Files&lt;/code&gt; 下，并添加快捷方式，不出意外应该就可以正常运行了。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/linux_shigatsu/image-20260305095452066.png&#34; alt=&#34;image-cjk&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;因为是通过伪装字体的形式实现的字体替换，建议本bottles环境只运行此游戏就好。&lt;/p&gt;


&lt;h1 class=&#34;relative group&#34;&gt;已知可能问题 
    &lt;div id=&#34;%E5%B7%B2%E7%9F%A5%E5%8F%AF%E8%83%BD%E9%97%AE%E9%A2%98&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E5%B7%B2%E7%9F%A5%E5%8F%AF%E8%83%BD%E9%97%AE%E9%A2%98&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h1&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;咒杀篇前卡死: 可能是用了较高版本的soda或未正确选择32位环境.&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;字体中部分乱码: 字体未伪装成功&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/linux_shigatsu/image-20260305095527681.png&#34; alt=&#34;image-cjk&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>scroll实现grid布局</title>
      <link>https://with9.github.io/post/scroll-grid/</link>
      <pubDate>Thu, 22 Jan 2026 20:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/scroll-grid/</guid>
      <description>

&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;scroll介绍 
    &lt;div id=&#34;scroll%E4%BB%8B%E7%BB%8D&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#scroll%E4%BB%8B%E7%BB%8D&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;由于 Hyprland 最近一次破坏性更新（Break Update）带来的不便，在习惯了 hyprscroller 的操作逻辑后，咱选择了由同一作者维护的新项目：scroll。scroll 提供了更加灵活的“卷轴”体验，支持上下左右全方位的平铺与滚动。体验很舒服，但是grid模式没有了，没法愉快的九宫格刷b站了，幸好作者提供了丰富的Lua接口，实在不行咱们可以自己实现一个。询问作者后得到了个&lt;a href=&#34;https://github.com/dawsers/scroll/discussions/48#discussioncomment-15353451&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    初步的例子&lt;/a&gt;，核心逻辑：将新窗口的插入位置固定在工作区的最后，检查它的前一列容器中的子窗口数量。如果数量小于 3，则执行一次 &lt;code&gt;move left nomode&lt;/code&gt;，将新窗口塞进前一列。&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;一些小优化 
    &lt;div id=&#34;%E4%B8%80%E4%BA%9B%E5%B0%8F%E4%BC%98%E5%8C%96&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E4%B8%80%E4%BA%9B%E5%B0%8F%E4%BC%98%E5%8C%96&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;不支持“插空”补位&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;手动关闭中间的窗口后，新窗口依然只会在最右侧创建，无法填充留下的空洞。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/scroll-grid/grid_no3.jpg&#34; alt=&#34;image-orignal&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;方案：新窗口创建时，遍历所有列，优先寻找子窗口数未达上限（column_limit）的容器并执行 &lt;code&gt;move left nomode&lt;/code&gt;填补。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-lua&#34; data-lang=&#34;lua&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;...&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;#&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;tiling&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;then&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;	&lt;span class=&#34;kd&#34;&gt;local&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;target_tiling&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kc&#34;&gt;nil&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;	&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;for&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;i&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;,&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;#&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;tiling&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;-&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;do&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;		&lt;span class=&#34;kd&#34;&gt;local&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;prev_container&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;tiling&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;[&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;i&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;		&lt;span class=&#34;kd&#34;&gt;local&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;children&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;scroll.container_get_children&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;prev_container&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;		&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;children&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;ow&#34;&gt;and&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;#&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;children&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;lt;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;ws_config&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;[&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;]&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;then&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;			&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;target_tiling&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;i&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;			&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;break&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;		&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;	&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;	&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;target_tiling&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;then&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;		&lt;span class=&#34;kd&#34;&gt;local&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;steps&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;#&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;tiling&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;-&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;target_tiling&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;-&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;*&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;2&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;+&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;		&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;for&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;i&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;,&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;steps&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;do&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;			&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;scroll.command&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;container&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;,&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;move left nomode&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;		&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;	&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;...&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;缺乏工作区独立性&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;全局开关导致所有工作区被迫同步开启 Grid。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;解决方案：将状态存储由布尔值改为以 ws_name 为键的哈希表&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;加入 on_destroy 回调。当某个grid工作区只剩下最后一个窗口并被关闭时，代码会自动清理该工作区的配置并切换回默认模式。&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;同时为了减少观看视频时的花销加入了调整窗口大小的逻辑。&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;完整的脚本存储在&lt;a href=&#34;https://gitlab.com/dc198424601/dotfiles/-/raw/main/scroll/.config/scroll/scripts/grid.lua?ref_type=heads&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    配置仓库&lt;/a&gt;，以下是建议的配置。&lt;/p&gt;
&lt;pre tabindex=&#34;0&#34;&gt;&lt;code&gt;#2345为不调整窗口大小的n宫格模式，wert为调整大小的n宫格模式
mode &amp;#34;grid&amp;#34; {
    bindsym 0 exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua disable; mode default
    bindsym 1 exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua toggle; mode default
    bindsym 2 exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua enable 2; mode default
    bindsym 3 exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua enable 3; mode default
    bindsym 4 exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua enable 4; mode default
    bindsym 5 exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua enable 5; mode default
    bindsym q exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua toggle; mode default
    bindsym w exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua enable 2 1; mode default
    bindsym e exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua enable 3 1; mode default
    bindsym r exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua enable 4 1; mode default
    bindsym t exec scrollmsg lua ~/.config/scroll/scripts/grid.lua enable 5 1; mode default
    bindsym Escape mode &amp;#34;default&amp;#34;
}
bindsym $mod+Shift+y mode &amp;#34;grid&amp;#34;
&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;p&gt;又可以愉快的九宫格刷b站了。&lt;/p&gt;
&lt;video width=100% controls&gt;
    &lt;source src=&#34;https://with9.github.io/img/scroll-grid/scroll9.mp4&#34; type=&#34;video/webm&#34;&gt;  
&lt;/video&gt;</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>用九宫格来刷B站耶</title>
      <link>https://with9.github.io/post/9bilibili/</link>
      <pubDate>Sun, 30 Nov 2025 00:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/9bilibili/</guid>
      <description>

&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;效果展示 
    &lt;div id=&#34;%E6%95%88%E6%9E%9C%E5%B1%95%E7%A4%BA&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E6%95%88%E6%9E%9C%E5%B1%95%E7%A4%BA&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;设备边播放边录制有点吃力，所以看起来有丝丝卡顿。效果就是可以同时刷n个视频。
&lt;video width=100% controls&gt;
&lt;source src=&#34;https://with9.github.io/img/9bilibili/9bilibili.mp4&#34; type=&#34;video/webm&#34;&gt;&lt;br&gt;
&lt;/video&gt;&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;准备工作 
    &lt;div id=&#34;%E5%87%86%E5%A4%87%E5%B7%A5%E4%BD%9C&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E5%87%86%E5%A4%87%E5%B7%A5%E4%BD%9C&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;要实现“九宫格刷 B 站”，我们需要准备以下工具：&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;视频地址列表&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;播放器：推荐用 &lt;a href=&#34;https://github.com/THMonster/Revda&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    revda&lt;/a&gt; 的 dmlive，直接用 mpv 的 yt-dlp 也可以，后者看不到弹幕。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;并行工具，推荐用 &lt;a href=&#34;https://www.gnu.org/software/parallel&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    parallel&lt;/a&gt;。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;mpv 需要配置自动退出脚本，不然会同一个视频循环播放。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;获取视频播放列表 
    &lt;div id=&#34;%E8%8E%B7%E5%8F%96%E8%A7%86%E9%A2%91%E6%92%AD%E6%94%BE%E5%88%97%E8%A1%A8&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E8%8E%B7%E5%8F%96%E8%A7%86%E9%A2%91%E6%92%AD%E6%94%BE%E5%88%97%E8%A1%A8&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;推荐使用这个优秀的插件导出收藏夹列表：&lt;br&gt;
👉 &lt;a href=&#34;https://github.com/AHCorn/Bilibili-Favlist-Export&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    AHCorn / Bilibili-Favlist-Export&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;该插件导出的文件是 CSV，其中第二列就是我们所需的视频 URL。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/9bilibili/bilibiliFavlistExport.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;hyprscroller配置 
    &lt;div id=&#34;hyprscroller%E9%85%8D%E7%BD%AE&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#hyprscroller%E9%85%8D%E7%BD%AE&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;我们需要用到该hyprland插件提供的&lt;a href=&#34;https://github.com/dawsers/hyprscroller/issues/5&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    grid模式&lt;/a&gt;，虽然作者已经不再维护该插件，但咱找到了个还在&lt;a href=&#34;https://github.com/cpiber/hyprscroller&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    活跃的分支&lt;/a&gt;，通过以下命令可以设定 grid 模式的行为，使窗口按下图顺序出现，且不会自动抢焦点：&lt;br&gt;
&lt;code&gt;hyprctl dispatch scroller:setmodemodifier end,nofocus,auto:3&lt;/code&gt;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/9bilibili/hyprgrid.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;同时推荐下两项配置：&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;&lt;code&gt;plugin:scroller:overview_scale_content 0&lt;/code&gt;&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;缩放会带来额外性能消耗，建议临时关闭。&lt;/p&gt;&lt;/blockquote&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;&lt;code&gt;windowrulev2 = plugin:scroller:columnwidth one,workspace:2&lt;/code&gt;&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;让窗口自动填满宽度。可以全局设置，也可以像咱一样为特定工作区单独设置。&lt;/p&gt;&lt;/blockquote&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;mpv自动退出 
    &lt;div id=&#34;mpv%E8%87%AA%E5%8A%A8%E9%80%80%E5%87%BA&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#mpv%E8%87%AA%E5%8A%A8%E9%80%80%E5%87%BA&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-lua&#34; data-lang=&#34;lua&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;~&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;err&#34;&gt;➜&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;cat&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;~/&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;config&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;/&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;mpv&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;/&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;scripts&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;/&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;quit_d.lua&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;mp.register_event&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;end-file&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;,&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;function&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;event&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;    &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;event.reason&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;==&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;eof&amp;#34;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;then&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;        &lt;span class=&#34;kd&#34;&gt;local&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;pos&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;mp.get_property_number&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;playlist-pos&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;,&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;0&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;        &lt;span class=&#34;kd&#34;&gt;local&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;count&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;mp.get_property_number&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;playlist-count&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;,&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;0&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;        &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;pos&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;==&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;count&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;-&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;mi&#34;&gt;1&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;then&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;            &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;mp.msg&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;n&#34;&gt;info&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;Last file finished, quitting mpv&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;            &lt;span class=&#34;n&#34;&gt;mp.command&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;quit&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;        &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;    &lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;kr&#34;&gt;end&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;

&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;Play耶 
    &lt;div id=&#34;play%E8%80%B6&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#play%E8%80%B6&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;准备完成后，就可以开始一次性刷多个视频啦。&lt;br&gt;
下面是一个简单的流程：先根据 CSV 生成可执行的 fish 脚本，在播放后自动记录已看视频。&lt;/p&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-fish&#34; data-lang=&#34;fish&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c&#34;&gt;# played记录看完的视频, 避免每次重新跑
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;for&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;i&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;in&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;csvtk&lt;/span&gt; cut &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-f&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;2&lt;/span&gt; 稍后.csv&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;    &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; dmlive &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;se&#34;&gt;\&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$i&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;se&#34;&gt;\&amp;#34;\;\;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;se&#34;&gt;\&amp;#34;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$i&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;se&#34;&gt;\&amp;#34;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;se&#34;&gt;\&amp;gt;\&amp;gt;&lt;/span&gt; played &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; play.&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;fish
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; head play.&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;fish
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;dmlive&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; url&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;;;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; url &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; played
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;dmlive&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1am5vzMEtH&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;;;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1am5vzMEtH &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; played
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;dmlive&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1xQCxBdEUW&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;;;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1xQCxBdEUW &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; played
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;dmlive&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1XpBgYHE1i&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;;;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1XpBgYHE1i &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; played
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;dmlive&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1hYWnz9E3u&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;;;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1hYWnz9E3u &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; played
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;dmlive&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1S7C1BSEmq&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;;;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1S7C1BSEmq &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; played
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;dmlive&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV13kSoYLE8H&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;;;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV13kSoYLE8H &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; played
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;dmlive&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-u&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1UEtdzREai&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;;;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; https://www.bilibili.com/video/BV1UEtdzREai &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; played
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c&#34;&gt;#播放
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;grep&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-v&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-F&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-f&lt;/span&gt; played play.&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;fish&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;|&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;parallel&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-j&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;8&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;p&gt;小建议：最好保持聚焦在最上面的窗口，不然新生成的窗口会有点怪，会变成类似这样的情况。&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;番外1：获取特定up的所有视频 
    &lt;div id=&#34;%E7%95%AA%E5%A4%961%E8%8E%B7%E5%8F%96%E7%89%B9%E5%AE%9Aup%E7%9A%84%E6%89%80%E6%9C%89%E8%A7%86%E9%A2%91&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E7%95%AA%E5%A4%961%E8%8E%B7%E5%8F%96%E7%89%B9%E5%AE%9Aup%E7%9A%84%E6%89%80%E6%9C%89%E8%A7%86%E9%A2%91&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-fish&#34; data-lang=&#34;fish&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;yt-dlp&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;https://space.bilibili.com/3546394455443750&amp;#34;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;--cookies-from-browser&lt;/span&gt; firefox &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;--dump-single-json&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;|&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;jq&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-r&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;s1&#34;&gt;&amp;#39;.entries[] | [.title, .webpage_url] | @csv&amp;#39;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; out.csv
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; head out.csv
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;多多理财 | 我们都渴望一个新的主人，但我们并不承认&amp;#34;&lt;/span&gt;,&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;https://www.bilibili.com/video/BV1pJ2vBJEEB&amp;#34;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;天鹅之歌 | 缺乏主体性是最恶毒的指责，禁忌享乐隐藏其后&amp;#34;&lt;/span&gt;,&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;https://www.bilibili.com/video/BV1bcCGBpEMQ&amp;#34;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;八号出口 | 鬼怪、异常、中式怪核与千禧梦核，为什么不可能的才是最真实的？&amp;#34;&lt;/span&gt;,&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;https://www.bilibili.com/video/BV19z1MBoETW&amp;#34;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;星之梦 | 宏伟计划与世界精神的骗局，你总是不受控制地走向失败&amp;#34;&lt;/span&gt;,&lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;https://www.bilibili.com/video/BV1g5WhzmEoN&amp;#34;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/9bilibili/wrongplace.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>Surface laptop3 Linux 使用中的离奇降频问题分析</title>
      <link>https://with9.github.io/post/sl3-throttle/</link>
      <pubDate>Thu, 27 Nov 2025 20:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/sl3-throttle/</guid>
      <description>

&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;太长不看版本 
    &lt;div id=&#34;%E5%A4%AA%E9%95%BF%E4%B8%8D%E7%9C%8B%E7%89%88%E6%9C%AC&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E5%A4%AA%E9%95%BF%E4%B8%8D%E7%9C%8B%E7%89%88%E6%9C%AC&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;把PL1配置到TDP以下，咱的设备TDP是15w，考虑到续航所以咱调整到了12.5W。&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;&lt;code&gt;echo 12500000 &amp;gt; /sys/class/powercap/intel-rapl:0/constraint_0_power_limit_uw&lt;/code&gt;&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;温度过高时自动切换profile。&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-bash&#34; data-lang=&#34;bash&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;~/.c/s/user ➜ cat /home/with9/my_shell/smalltools/toggle_performance.fish
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;#!/usr/bin/fish&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;set&lt;/span&gt; temp &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;math max &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;cat /sys/class/thermal/thermal_zon*/temp&lt;span class=&#34;p&#34;&gt;|&lt;/span&gt;string join &lt;span class=&#34;s1&#34;&gt;&amp;#39;,&amp;#39;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;))&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;set&lt;/span&gt; profile &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;surface profile get&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;set&lt;/span&gt; load &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;cut -d &lt;span class=&#34;s1&#34;&gt;&amp;#39; &amp;#39;&lt;/span&gt; -f &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;1&lt;/span&gt; /proc/loadavg&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;set&lt;/span&gt; high_load &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;math &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$load&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;se&#34;&gt;\&amp;gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; 7.6&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;test&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$profile&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;s1&#34;&gt;&amp;#39;performance&amp;#39;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;exit&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;end
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;test&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$temp&lt;/span&gt; -ge &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;74000&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;||&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;test&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$high_load&lt;/span&gt; -eq &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;1&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  sudo surface profile &lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;set&lt;/span&gt; performance &lt;span class=&#34;c1&#34;&gt;#需要sudo里面配置上nopasswd surface &amp;#39;NOPASSWD: /usr/bin/surface&amp;#39;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  notify-send &lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;performance profile toggled&amp;#34;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;end
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;----------------------------------------
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;~/.c/s/user ➜ cat auto-profile.service
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Unit&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;Description&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;Auto Switch Surface Performance Profile on High Temperature
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Service&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;Type&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;oneshot
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;ExecStart&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;fish -c /home/with9/my_shell/smalltools/toggle_performance.fish
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;----------------------------------------
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;~/.c/s/user ➜ cat auto-profile.timer
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Unit&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;Description&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;Run auto-profile every &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;5&lt;/span&gt; seconds
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Timer&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;OnBootSec&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;10s
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;OnUnitActiveSec&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;5s
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;Unit&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;auto-profile.service
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Install&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;WantedBy&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;timers.target
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;hr&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;碎碎念版 
    &lt;div id=&#34;%E7%A2%8E%E7%A2%8E%E5%BF%B5%E7%89%88&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E7%A2%8E%E7%A2%8E%E5%BF%B5%E7%89%88&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;问题描述及thermald尝试 
    &lt;div id=&#34;%E9%97%AE%E9%A2%98%E6%8F%8F%E8%BF%B0%E5%8F%8Athermald%E5%B0%9D%E8%AF%95&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E9%97%AE%E9%A2%98%E6%8F%8F%E8%BF%B0%E5%8F%8Athermald%E5%B0%9D%E8%AF%95&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;在使用 Surface + Linux 的过程中，有一个问题困扰了咱非常久：看视频、玩游戏玩得好好的，CPU 会突然跌到 200 MHz，同时风扇瞬间飙到最大转速。
第一反应当然是散热问题，但问题是：&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;日常使用负载并不高，不至于看个视频就达到瓶颈吧？&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;风扇无法直接控制，只能靠切换 &lt;code&gt;surface-profile&lt;/code&gt; 来改变风扇敏感度。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;切到 &lt;code&gt;performance&lt;/code&gt; 虽然能有一定缓解，但仍然会频繁触发这种极端降频。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;查阅多条相关 issue 后，&lt;a href=&#34;https://github.com/linux-surface/linux-surface/issues/221&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    发现不少人推荐使用 thermald&lt;/a&gt;。于是咱开始调节 thermald 的配置，把控温点设为 65°C，降温设备顺序设置为：&lt;code&gt;intel_pstate&lt;/code&gt; -&amp;gt;  &lt;code&gt;cpufreq&lt;/code&gt; -&amp;gt; &lt;code&gt;rapl_controller&lt;/code&gt;，确实改善了些，不再那么容易触发硬件保护了。&lt;/p&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-xml&#34; data-lang=&#34;xml&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;cat /etc/thermald/thermal-conf.xml
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;----------------------------------------
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cp&#34;&gt;&amp;lt;?xml version=&amp;#34;1.0&amp;#34;?&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;ThermalConfiguration&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;Platform&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;    &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;Name&amp;gt;&lt;/span&gt;Override CPU default passive&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/Name&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;    &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;ProductName&amp;gt;&lt;/span&gt;*&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/ProductName&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;    &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;Preference&amp;gt;&lt;/span&gt;QUIET&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/Preference&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;    &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;ThermalZones&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;      &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;ThermalZone&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;        &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;Type&amp;gt;&lt;/span&gt;cpu&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/Type&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;        &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;TripPoints&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;          &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;TripPoint&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;            &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;Temperature&amp;gt;&lt;/span&gt;65000&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/Temperature&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;            &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;type&amp;gt;&lt;/span&gt;passive&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/type&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;          &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/TripPoint&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;        &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/TripPoints&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;      &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/ThermalZone&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;    &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/ThermalZones&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/Platform&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/ThermalConfiguration&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-xml&#34; data-lang=&#34;xml&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;cat /etc/thermald/thermal-cpu-cdev-order.xml
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;----------------------------------------
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;CoolingDeviceOrder&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;intel_pstate&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;cpufreq&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;rapl_controller&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;intel_powerclamp&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;Processor&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/CoolingDevice&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nt&#34;&gt;&amp;lt;/CoolingDeviceOrder&amp;gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;p&gt;但新问题出现了：看个视频 / 玩个小游戏就容易掉到 400 MHz，体验依旧难受。如果调高温度又容易触发过保护。thermald 是被动降温，温度设置的过高的话就来不及反应了。尝试过 thermald 的 active 和 max 模式，效果更糟&amp;hellip;&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;PL1&amp;amp;TDP 
    &lt;div id=&#34;pl1tdp&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#pl1tdp&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;直到有一天，在 issues 里看到一个&lt;a href=&#34;https://github.com/linux-surface/kernel/issues/117&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    讨论&lt;/a&gt;，虽然该 issue 和咱的情景关系不是很大, 但是他们提到的 PL1、PL2、TDP 这些值给了咱思路, 经过检索发现 &lt;a href=&#34;https://www.intel.com/content/www/us/en/content-details/743844/13th-generation-intel-core-intel-core-14th-generation-intel-core-processor-series-1-and-series-2-and-intel-xeon-e-2400-processor-datasheet-volume-1-of-2.html&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    Intel 官方&lt;/a&gt;是推荐把PL1(长时功率)设置为 TDP（Thermal Design Power, 长时能稳定散掉的热量） 的, 于是咱去 &lt;del&gt;一年半没有打开的&lt;/del&gt; Windows 下查看了下这些值, &lt;code&gt;PL1=11.25W, TDP=15W, PL2=61W&lt;/code&gt;, 可能是为了续航, 所以配置上 PL1 比 TDP 要低一点，Linux 下的 PL1 值就有点离谱了，被设置为了 25W 。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/SL3-throttle/intel.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;所以极端降频问题的本质似乎是：设备的默认 PL1 被设置的远高于 CPU 的 TDP。长时功率跑得太高 → 风扇跟不上 → 温度持续高位 → 超过固件“保守阈值” → 触发硬件保护 → 降频到200 MHz，在咱把 PL1 调回 TDP 后，卸载 thermald 后跑 stress 也不会触发保护了。Surface 固件本身似乎非常保守，根据咱的测试估计：温度在 80°C 左右长期不下降，就会触发这类安全机制，并不是要到理论的 100°C 才会触发。&lt;/p&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-fish&#34; data-lang=&#34;fish&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;ch&#34;&gt;#!/usr/bin/fish
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;ch&#34;&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;echo&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;12500000&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;&amp;gt;&lt;/span&gt; /sys/class/powercap/intel-rapl:&lt;span class=&#34;m&#34;&gt;0&lt;/span&gt;/constraint_0_power_limit_uw
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;p&gt;虽然 PL1 调整后已经非常稳定，但在极端任务下仍会偶尔触发降频。实际观察后发现这种情况在 performance profile 下很少出现。于是咱写了一个小脚本用来实时监控温度，超过 74°C 或者 CPU 负载很高的时候就切换到 performance，自动切回来可能导致短时间的频繁切换, 所以还是任务完成后手动切换比较合适。&lt;/p&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-fish&#34; data-lang=&#34;fish&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;ch&#34;&gt;#!/usr/bin/fish
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;ch&#34;&gt;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;set&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;temp&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;math &lt;/span&gt;max &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;cat&lt;/span&gt; /sys/class/thermal/thermal_zon*/temp&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;|&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;string &lt;/span&gt;join &lt;span class=&#34;s1&#34;&gt;&amp;#39;,&amp;#39;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;))&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;set&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;profile&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;surface&lt;/span&gt; profile get&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;set&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;load&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;cut&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-d&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;s1&#34;&gt;&amp;#39; &amp;#39;&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-f&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;1&lt;/span&gt; /proc/loadavg&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;set&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;high_load&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;(&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;nb&#34;&gt;math&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$load&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;se&#34;&gt;\&amp;gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;7&lt;/span&gt;.&lt;span class=&#34;m&#34;&gt;6&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;)&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;test&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$profile&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;s1&#34;&gt;&amp;#39;performance&amp;#39;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;exit&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;if&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;test&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$temp&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-ge&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;74000&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;o&#34;&gt;||&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;k&#34;&gt;test&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;$high_load&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;na&#34;&gt;-eq&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;1&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;  &lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;sudo&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;surface&lt;/span&gt; profile set &lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;performance&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;c&#34;&gt;#需要sudo里面配置上nopasswd surface &amp;#39;NOPASSWD: /usr/bin/surface&amp;#39;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;c&#34;&gt;&lt;/span&gt;  &lt;span class=&#34;nf&#34;&gt;notify-send&lt;/span&gt; &lt;span class=&#34;s2&#34;&gt;&amp;#34;performance profile toggled&amp;#34;&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;k&#34;&gt;end&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;p&gt;把此脚本加入定时器即可。&lt;/p&gt;
&lt;div class=&#34;highlight&#34;&gt;&lt;pre tabindex=&#34;0&#34; class=&#34;chroma&#34;&gt;&lt;code class=&#34;language-bash&#34; data-lang=&#34;bash&#34;&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;~/.c/s/user ➜ cat auto-profile.service
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Unit&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;Description&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;Auto Switch Surface Performance Profile on High Temperature
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Service&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;Type&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;oneshot
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;ExecStart&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;fish /home/with9/my_shell/smalltools/toggle_performance.fish
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;~/.c/s/user ➜ cat auto-profile.timer
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Unit&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;Description&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;Run auto-profile every &lt;span class=&#34;m&#34;&gt;5&lt;/span&gt; seconds
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Timer&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;OnBootSec&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;10s
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;OnUnitActiveSec&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;5s
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;Unit&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;auto-profile.service
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;[&lt;/span&gt;Install&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;]&lt;/span&gt;
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;line&#34;&gt;&lt;span class=&#34;cl&#34;&gt;&lt;span class=&#34;nv&#34;&gt;WantedBy&lt;/span&gt;&lt;span class=&#34;o&#34;&gt;=&lt;/span&gt;timers.target
&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/code&gt;&lt;/pre&gt;&lt;/div&gt;&lt;p&gt;现在的配置情况下终于可以流畅的同时看9个视频了(下次有时间讲一下怎么用&lt;a href=&#34;https://github.com/dawsers/hyprscroller/issues/5&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    hyprscroller&lt;/a&gt;同时切换看n个视频:)





  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/SL3-throttle/nineV.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  


温度维持在 70°C 以下, CPU 频率在 1GHz 以上，基本感觉不到卡顿。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;PS: 各大厂商开始军备竞赛, 疯狂把默认 PL1 调高，以抬高跑分、短时性能，但散热却没有跟上。轻薄本的散热本就偏弱，默认 PL1 又调得很激进，Linux 下缺乏厂商校准，触发诡异降频其实是必然。&lt;/p&gt;
&lt;hr&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;参考资料 
    &lt;div id=&#34;%E5%8F%82%E8%80%83%E8%B5%84%E6%96%99&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E5%8F%82%E8%80%83%E8%B5%84%E6%96%99&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;[1]: &lt;a href=&#34;https://github.com/linux-surface/linux-surface/issues/221&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    https://github.com/linux-surface/linux-surface/issues/221&lt;/a&gt; &lt;br&gt;
[2]: &lt;a href=&#34;https://github.com/linux-surface/kernel/issues/117#issuecomment-1061504400&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    https://github.com/linux-surface/kernel/issues/117#issuecomment-1061504400&lt;/a&gt;&lt;br&gt;
[3]: &lt;a href=&#34;https://community.intel.com/t5/Mobile-and-Desktop-Processors/PL1-and-PL2/m-p/1649216&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    https://community.intel.com/t5/Mobile-and-Desktop-Processors/PL1-and-PL2/m-p/1649216&lt;/a&gt;&lt;br&gt;
[4]: &lt;a href=&#34;https://www.techpowerup.com/forums/threads/i5-10300h-default-tpl-values-concern.294327/&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    https://www.techpowerup.com/forums/threads/i5-10300h-default-tpl-values-concern.294327/&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>文献阅读: 烟草基因组</title>
      <link>https://with9.github.io/post/nicotiana-tabacum/</link>
      <pubDate>Mon, 12 May 2025 11:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/nicotiana-tabacum/</guid>
      <description>&lt;p&gt;论文链接: &lt;a href=&#34;https://doi.org/10.1038/s41588-025-02126-0&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    Zan, Y.et al.The genome and GeneBank genomics of allotetraploid Nicotiana tabacum provide insights into genome evolution and complex trait regulation.Nat Genet 1–11 (2025) doi:10.1038/s41588-025-02126-0.&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;背景 
    &lt;div id=&#34;%E8%83%8C%E6%99%AF&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E8%83%8C%E6%99%AF&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250415102357069.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;烟草（&lt;em&gt;Nicotiana tabacum&lt;/em&gt;）是一种异源四倍体杂交种，由林烟草（&lt;em&gt;Nicotiana sylvestris&lt;/em&gt;）和拟绒毛烟草（&lt;em&gt;Nicotiana tomentosiformis&lt;/em&gt;）杂交而成. 烟草的不同品种差异非常大，远超祖先种，按照农业用途划分为：烤烟（flue-cured，卷烟）晒烟（sun-cured，烟斗）白肋烟（burley，混合烟）雪茄烟（cigar）东方烟（oriental）&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;多倍化的最常见命运是fractionation和二倍化，可能涉及的机制包括homoeologous&lt;sup id=&#34;fnref:1&#34;&gt;&lt;a href=&#34;#fn:1&#34; class=&#34;footnote-ref&#34; role=&#34;doc-noteref&#34;&gt;1&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;染色体交换、转做元件的重新激活、DNA甲基化&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;结果与讨论 
    &lt;div id=&#34;%E7%BB%93%E6%9E%9C%E4%B8%8E%E8%AE%A8%E8%AE%BA&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E7%BB%93%E6%9E%9C%E4%B8%8E%E8%AE%A8%E8%AE%BA&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Genome evolution highlighted by chromosome-scale assemblies 
    &lt;div id=&#34;genome-evolution-highlighted-by-chromosome-scale-assemblies&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#genome-evolution-highlighted-by-chromosome-scale-assemblies&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;作者分别对栽培种（ZY300）及两种祖先种进行了高质量的染色体级基因组组装：&lt;/p&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Nicotiana tabacum L.var ZY300&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Nicotiana sylvestris&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Nicotiana tomentosiformis&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Number of chromosomes&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;24&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;12&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;12&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Size of genome&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;4174803700&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;2379017988&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;2244010975&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;GC content (%)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;39.01&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;39.21&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;39.18&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Number of contigs&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;2070&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;18&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;20&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Contig NG50 (bp)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;27168399&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;190035529&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;170533715&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Number of scaffolds&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1448&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;15&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;15&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Scaffolds NG50 (bp)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;169642138&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;192385001&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;189532187&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Gap number&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;57.505&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;3&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;5&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Gap size (bp)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;3423090&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;300&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;500&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Hi-C anchoring rate (%)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;97.03&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;99.97&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;99.98&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;&amp;hellip;&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;&amp;hellip;&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;&amp;hellip;&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Number&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Average gene length (bp)&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Average CDS length per gene (bp)&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Average exon number per gene&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Average exon length (bp)&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Average intron length (bp)&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Nicotiana tabacum L. var ZY300&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;80433&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;4142.953&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1089.597&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;4.481&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1285.125&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;820.9767&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Nicotiana sylvestris&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;40290&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;4360.859&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1088.196&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;4.314&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1531.958&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;616.7752&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Nicotiana tomentosiformis&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;37862&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;4068.097&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1151.372&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;4.262&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1313.867&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;657.3184&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;p&gt;此外，他们还注释了基因结构和重复序列。LTR类转座子（特别是Gypsy）在T亚基因组中更为丰富，尤其集中于2、17和19号染色体。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250415102522015.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  


通过ChIP-seq和quarTeT预测了着丝粒区域，两个方法结果高度一致，支持其准确性。&lt;/p&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250415102656007.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250415102954330.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250415103017951.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;p&gt;共线性分析和LTR分析发现:&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;四倍体中存在大量&amp;gt;1Mb的结构变异，包括1420个倒位、539个重复及725个缺失。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;T亚基因组相较S亚基因组表现出更频繁的遗传变化。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;仅有7.56%的LTR插入事件发生在多倍化之后，说明多倍化不必然激活大量LTR。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Subgenome expression divergence and epigenetic modification 
    &lt;div id=&#34;subgenome-expression-divergence-and-epigenetic-modification&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#subgenome-expression-divergence-and-epigenetic-modification&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250415104629953.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250422150829190.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;仅小部分基因在亚基因组与祖先种之间存在显著表达差异。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;多倍体中，表达上调的基因往往甲基化水平较低。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;存在66对同源基因在不同亚基因组中表达方向相反。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;S/T偏好表达基因富集的功能不同。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Genetic diversity of a global collection of 5,196 lines 
    &lt;div id=&#34;genetic-diversity-of-a-global-collection-of-5196-lines&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#genetic-diversity-of-a-global-collection-of-5196-lines&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;通过对全球5196份材料中的2582份进行GBS测序，作者获得了9.5万个SNP标记，覆盖了约98%的基因组区域。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250422152625131.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250422152821231.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250422160513242.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;PCA将晒烟和烤烟区分明显&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;PCA第二主成分与纬度相关&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;白肋烟(&amp;ldquo;White Burley”的突变品种，该品种具有叶绿素缺失的表型，由YB1和YB2两个隐性等位基因控制,)起源明确，聚集于北美谱系&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;IBS值在0.75-0.88之间，说明整体育种基因库较窄&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;虽然栽培烟草表型差异显著，但遗传分化指数显示其遗传分化仍然有限&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Subgenome divergence and regulation of complex traits 
    &lt;div id=&#34;subgenome-divergence-and-regulation-of-complex-traits&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#subgenome-divergence-and-regulation-of-complex-traits&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250423091335852.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  







  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250423091456059.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  







  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250427085006940.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;通过对43个性状进行GWAS，筛选出39个性状的178个显著关联标记：&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;LD(连锁不平衡)衰减很慢，500bk内关联依然很高，难以确定具体的基因，但还是在八个关联峰附近找到了先前已报道的QTLs，同时构建了遗传图谱&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;大多数QTL只存在于单一亚基因组&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;T亚基因组对大多数抗病性状的贡献更大&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;HEB区域（同源表达偏倚区域）虽然SNP比例低，却对某些性状（如白粉病抗性）影响巨大&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Arf9 is associated with leaf width variation 
    &lt;div id=&#34;arf9-is-associated-with-leaf-width-variation&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#arf9-is-associated-with-leaf-width-variation&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250427154913654.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;作者构建近等基因系定位叶片形态关键基因&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;将候选基因定位到134 kb区间，该区间包含一个基因和2个snp标记&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;在XHJ品种中敲除该基因后，叶宽增加了6cm&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;致因突变定位于第8外显子的Ala258→Pro258变化&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Signatures of positive selection and polygenic selection 
    &lt;div id=&#34;signatures-of-positive-selection-and-polygenic-selection&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#signatures-of-positive-selection-and-polygenic-selection&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/image-20250507093056708.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;研究发现：&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;多数性状变化是通过多个微效QTL积累实现&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;这些位点尚未在群体中固定&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;暗示育种仍具提升空间，同时也强调了polygenic adaptation在作物演化中的重要作用&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;一些小概念的补充 
    &lt;div id=&#34;%E4%B8%80%E4%BA%9B%E5%B0%8F%E6%A6%82%E5%BF%B5%E7%9A%84%E8%A1%A5%E5%85%85&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E4%B8%80%E4%BA%9B%E5%B0%8F%E6%A6%82%E5%BF%B5%E7%9A%84%E8%A1%A5%E5%85%85&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;常见遗传群体&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;类型&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;全称&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;特点&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;用途&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;&lt;strong&gt;BC&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;Backcross（回交群体）&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;F1与亲本之一回交得到，如F1 × P1&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;遗传图谱构建，单基因定位&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;&lt;strong&gt;NIL&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;Near-Isogenic Line（近等基因系）&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;与亲本基因组高度一致，仅差一个或几个基因片段&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;精准定位，功能验证&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;&lt;strong&gt;RIL&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;Recombinant Inbred Line（重组自交系）&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;F2之后连续自交（多代），达到高度纯合&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;QTL定位，群体结构分析&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;&lt;strong&gt;DH&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;Double Haploid（双单倍体）&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;通过花药培养等方法诱导获得纯合个体&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;快速获得纯合材料&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/2025-05-09-16-24-23.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;&lt;a href=&#34;https://www.omicsclass.com/article/814&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    https://www.omicsclass.com/article/814&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;&lt;/blockquote&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;状态同源 / 血缘同源 IBS / IBD
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;血缘同源（Identity By Descent，IBD），子代中共有的等位基因来源于同一祖先。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;状态同源（identical by state ，IBS），两个个体拥有相同的等位基因（不一定来源以同一祖先）。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;IBD可以让我们了解两个体间的亲缘关系，虽然无法直接测得，但可以根据IBS以及等位基因频率的分布来推定。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/Nicotiana-tabacum/2025-05-11-14-13-38.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;&lt;a href=&#34;https://gwaslab.org/2020/04/11/%E7%8A%B6%E6%80%81%E5%90%8C%E6%BA%90-%E8%A1%80%E7%BC%98%E5%90%8C%E6%BA%90-ibs-ibd-%E6%A6%82%E5%BF%B5%E4%B8%8E%E8%AE%A1%E7%AE%97%EF%BC%88plink%EF%BC%89/&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    https://gwaslab.org/2020/04/11/%E7%8A%B6%E6%80%81%E5%90%8C%E6%BA%90-%E8%A1%80%E7%BC%98%E5%90%8C%E6%BA%90-ibs-ibd-%E6%A6%82%E5%BF%B5%E4%B8%8E%E8%AE%A1%E7%AE%97%EF%BC%88plink%EF%BC%89/&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;&lt;/blockquote&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;群体分化遗传指数&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;F&lt;sub&gt;ST&lt;/sub&gt; (Fixation index)是衡量群体间&lt;strong&gt;遗传分化程度&lt;/strong&gt;的指标，广泛应用于群体遗传学研究。&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;&lt;strong&gt;范围&lt;/strong&gt;：0（无分化） ~ 1（完全分化）&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;strong&gt;公式&lt;/strong&gt;：
$$
F_{ST} = \frac{H_T - H_S}{H_T}
$$&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;&lt;em&gt;H&lt;sub&gt;T&lt;/sub&gt;&lt;/em&gt;：总群体的期望杂合度&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;em&gt;H&lt;sub&gt;S&lt;/sub&gt;&lt;/em&gt;：亚群体的平均期望杂合度&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;&lt;a href=&#34;https://gwaslab.org/2021/04/25/fst/&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    https://gwaslab.org/2021/04/25/fst/&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;&lt;/blockquote&gt;
&lt;div class=&#34;footnotes&#34; role=&#34;doc-endnotes&#34;&gt;
&lt;hr&gt;
&lt;ol&gt;
&lt;li id=&#34;fn:1&#34;&gt;
&lt;p&gt;Homologous genes resulting from allopolyploidy are commonly referred to as ‘homoeologs’,&amp;#160;&lt;a href=&#34;#fnref:1&#34; class=&#34;footnote-backref&#34; role=&#34;doc-backlink&#34;&gt;&amp;#x21a9;&amp;#xfe0e;&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ol&gt;
&lt;/div&gt;
</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>文献阅读: 小麦中TE对基因组结构和进化的影响</title>
      <link>https://with9.github.io/post/te-triticum/</link>
      <pubDate>Fri, 14 Jun 2024 11:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/te-triticum/</guid>
      <description>&lt;p&gt;论文链接: &lt;a href=&#34;https://doi.org/10.1186%2Fs13059-018-1479-0&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    Wicker, T.et al.Impact of transposable elements on genome structure and evolution in bread wheat.Genome Biol 19, 103 (2018).&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;背景 
    &lt;div id=&#34;%E8%83%8C%E6%99%AF&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E8%83%8C%E6%99%AF&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;TE介绍&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/LTR.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;侯小改，张曦&amp;amp; 郭大龙.植物LTR类反转录转座子序列分析识别方法.遗传 34, 1491–1500 (2012).&lt;/p&gt;&lt;/blockquote&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;分类及介绍: 小型遗传单位, 能够自我复制或在基因组中移动
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;逆转录转座子: 通过mRNA的逆转录功能进行转座&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;DNA转座子: 代表其他所有的转座子&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;基因组多样性的主要因素, 也是解释基因组大小变化的主要因素&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;经常被表观遗传沉默, 使其无法长期大规模扩增, 之前观点认为它们可能逃脱沉默, 大规模扩增并迅速沉默&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;TE对基因表达也有重要的影响, TE也可能是等位基因的主要来源&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;结果与讨论 
    &lt;div id=&#34;%E7%BB%93%E6%9E%9C%E4%B8%8E%E8%AE%A8%E8%AE%BA&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E7%BB%93%E6%9E%9C%E4%B8%8E%E8%AE%A8%E8%AE%BA&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;TE content and distribution along the 21 bread wheat chromosomes 
    &lt;div id=&#34;te-content-and-distribution-along-the-21-bread-wheat-chromosomes&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#te-content-and-distribution-along-the-21-bread-wheat-chromosomes&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;三个小麦亚基因组的 TE 组成和染色体分布示例,在超家族层面上, 含量类似, D 亚基因组较小的原因主要是Gypsy超家族含量较少&lt;/p&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/1.1.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/1.2.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/1.3.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  


部分超家族(DTC_famc10.3为例)在小麦染色体上的分布, 该家族在D中分布较密集.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;论文里面作者还讨论了很多其他家族的情况, 并且发现了小麦特有的家族, 因为分析过程和以上区别不大这里就不展示了.&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Dynamics of LTR retrotransposons from the diploid ancestors to the hexaploid 
    &lt;div id=&#34;dynamics-of-ltr-retrotransposons-from-the-diploid-ancestors-to-the-hexaploid&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#dynamics-of-ltr-retrotransposons-from-the-diploid-ancestors-to-the-hexaploid&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;旧的TE可能会经历多次的嵌套插入,截断, 序列突变(truncations, nested insertions, and mutations), 最终导致结构缺失难以识别, 所以完整的全长LTR(flLTR-RT)代表最近插入的TE, 作者从中国春基因组中共发现112,744个flLTR-RTs. 数量远远大于之前发表的小麦基因组, 原因可能是组装完整度的提高.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/2.1.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;SanMiguel, P., Gaut, B.S., Tikhonov, A., Nakajima, Y.&amp;amp; Bennetzen, J.L.The paleontology of intergene retrotransposons of maize.Nat Genet 20, 43–45 (1998).&lt;/p&gt;&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;LTR-RTs两端的重复序列会随着时间发生一些突变, 通过计算突变率可以大致估算其插入时间, 作者计算了这些flLTR-RT的插入时间并分析了flLTR-RTs和最近插入(两端完全一样)的TE在染色体上的分布, 发现最近插入的TE并没有显著的位置偏好, 证实之前的假设, 即TE在整个染色体上以相同速率进行随机插入, 但是在末端受到选择, 以更快的速度被删除.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/2.2.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;与AB相比, D亚基因组的含有更年轻的flLTR-RT.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/2.3.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;接下来是我个人认为最精彩的一部分工作, 作者对flLTR-RTs进行了不同程度的聚类分析(80/80代表80相似度,80覆盖度), 并分析聚类的簇的亚基因组偏好性. 因为90/90的参数下聚类得到结果较好, 所以后续分析是以90/90为标准进行的. 对亚基因组特异性flLTR-RTs的插入时间进行统计, ABD特异性簇的进一步分析, 粗细代表簇中含有的数量. A或B特有的簇仅扩增至0.5百万年, 与四倍体事件时间一致, D亚基因组特有的簇是最近插入的, 与六倍化事件时间一致.&lt;/p&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/2.4.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/2.5.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;p&gt;作者也对最大的三个聚类簇构建了系统发育树, 大部分的扩增发生在二倍体祖先中(这些单一颜色的分支), 每棵树包含一个或多个较年轻的区域, 其中交织这分布在A和B基因组中的TE, 说明这些扩增是在四倍体中进行的, D基因组插入时间较短, 还未留下此类痕迹.





  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/2.6.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;其他结果 
    &lt;div id=&#34;%E5%85%B6%E4%BB%96%E7%BB%93%E6%9E%9C&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E5%85%B6%E4%BB%96%E7%BB%93%E6%9E%9C&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;作者统计了同源基因在三个亚基因组中的顺序和相邻基因的距离, 尽管存在大量的TE插入, 但是基因的顺序和相邻基因的距离都非常保守, 说明存在某种选择&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;分析转录起始位点上游 10 kb 和转录终止位点下游 10 kb的TE分布情况. 在超家族水平上，A、B 和 D 亚基因组在基因周围区域表现出相同的偏向组成&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;作者还利用公共转录组数据研究了基因组表达与启动子中特异TE家族的关系, 发现没有显著的关联.&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/3.1.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/TE-Triticum/3.2.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>文献阅读: 三倍体杨树银中杨的染色体级别基因组组装</title>
      <link>https://with9.github.io/post/poplar-populus/</link>
      <pubDate>Sun, 31 Mar 2024 11:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/poplar-populus/</guid>
      <description>&lt;p&gt;文献链接:  &lt;a href=&#34;https://doi.org/10.1111/1755-0998.13770&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    Chen, S.et al.Chromosome‐level genome assembly of a triploid poplar Populus alba ‘ Berolinensis ’.Molecular Ecology Resources 23, 1092–1107 (2023).&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;通讯作者简介 
    &lt;div id=&#34;%E9%80%9A%E8%AE%AF%E4%BD%9C%E8%80%85%E7%AE%80%E4%BB%8B&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E9%80%9A%E8%AE%AF%E4%BD%9C%E8%80%85%E7%AE%80%E4%BB%8B&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;&lt;a href=&#34;https://tblab.nefu.edu.cn/info/1041/1443.htm&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    陈肃&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;经历&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;2006年于东北林业大学，获学士学位；&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;2009年于东北林业大学，获硕士学位；&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;2012年于东北林业大学，获博士学位。&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;2012年—2017年，东北林业大学，博士后&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;2017年—至  今，东北林业大学，副教授。&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;研究方向&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;林木遗传改良及林木基因工程育种&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;&lt;a href=&#34;https://forestry.nefu.edu.cn/info/1035/1677.htm&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    曲冠证&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;经历
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;1997年于东北林业大学林学专业获学士学位&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2002年于东北林业大学林木遗传育种专业获硕士学位&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2007年于韩国江原大学获博士学位&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;研究方向
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;从事林木遗传育种研究，近几年主要研究重点为杨树单倍体育种及杨树等基因工程改良研究。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;&lt;a href=&#34;https://ccec.nefu.edu.cn/info/1057/1668.htm&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    汪国华&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;经历
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;哈尔滨工业大学计算机应用技术专业博对来发现SNP和InDels, 是因为作者认为这三个亚基因组足够相似吗, 那为什么不直接进行全基因组士学位&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;约翰霍普金斯大学博士后&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2009年起在哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院历任副教授，教授，博士生导师&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2019年调入东北林业大学信息与计算机工程学院任院长，林木遗传育种国家重点实验室PI&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;研究方向
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;生物信息学、人工智能。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;背景 
    &lt;div id=&#34;%E8%83%8C%E6%99%AF&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E8%83%8C%E6%99%AF&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;多倍化的优势: 抗逆和适应极端环境(eg.多倍体拟南芥更加耐盐等..)&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;多倍体耐性假说之一: 特定基因家族的扩张引起的剂量效应是主要原因 &lt;a href=&#34;https://doi.org/10.1534/g3.119.400913&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    https://doi.org/10.1534/g3.119.400913&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;杨树是分布最广泛的驯化森林品种, 多倍体品种均是通过种间杂交形成的. 银中杨属于中国典型的三倍体杨树, 由银白杨和中东杨经人工杂交选育而成, 生长快速, 抗旱抗寒且耐盐.&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;多倍体育种&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;方法 
    &lt;div id=&#34;%E6%96%B9%E6%B3%95&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E6%96%B9%E6%B3%95&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;流式细胞术测量倍型&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;基因组测序: PacBio Sequal II+ BGI + Hi-C(BGISEQ-500)&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;组装: CANU + ALLHIC + Juicebox&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;注释
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;重复序列: repeatmodeler, EDTA, repeatmasker&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;编码基因: MAKER&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;功能注释: eggnog-mapper, Plangregmap, AHRD&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;共线性: Mcscanx, syri, nucmer&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;系统发育树: orthofinder, mafft, raxml-ng&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;SNPs和InDels: GATK, Snpeff&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;RNAseq: nextflow/rnaseq&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;结果 
    &lt;div id=&#34;%E7%BB%93%E6%9E%9C&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E7%BB%93%E6%9E%9C&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Triploid Populus alba ‘Berolinensis’ has a growth advantage 
    &lt;div id=&#34;triploid-populus-alba-berolinensis-has-a-growth-advantage&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#triploid-populus-alba-berolinensis-has-a-growth-advantage&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;银中杨(YZY) 与其亲本相比存在显著的生长优势&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/poplar_Populus/image-20240321094653012.png&#34; alt=&#34;image-20240321094653012&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;De novo assembly of the &lt;em&gt;P. alba ‘Berolinensis’&lt;/em&gt; genome 
    &lt;div id=&#34;de-novo-assembly-of-the-p-alba-berolinensis-genome&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#de-novo-assembly-of-the-p-alba-berolinensis-genome&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;二代和三代数据分别做了kmer-survery, 判断其基因组大小, 杂合度等指标&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/poplar_Populus/image-20240321095222092.png&#34; alt=&#34;image-20240321095222092&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;基因组组装情况概览&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/poplar_Populus/image-20240321095509009.png&#34; alt=&#34;image-20240321095509009&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Annotation of the &lt;em&gt;P. alba ‘Berolinensis’&lt;/em&gt; genome 
    &lt;div id=&#34;annotation-of-the-p-alba-berolinensis-genome&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#annotation-of-the-p-alba-berolinensis-genome&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;结构注释表明其基因组内重复序列占比约为45.23%, 注释得到的编码基因为128,281个(43255,43076,41950), 其中80.35%得到了功能注释.&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Comparative analysis of the &lt;em&gt;P. alba ‘Berolinensis’&lt;/em&gt; genome 
    &lt;div id=&#34;comparative-analysis-of-the-p-alba-berolinensis-genome&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#comparative-analysis-of-the-p-alba-berolinensis-genome&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;亚基因组共线性和系统发育分析, 三套亚基因组分别和&lt;em&gt;P. alba&lt;/em&gt;, &lt;em&gt;P.bolleana&lt;/em&gt;及&lt;em&gt;P.tremula&lt;/em&gt;较近, 亚基因组内共线性较高. 同时作者也对每个亚基因组与其亲本的基因组做了共线性分析.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/poplar_Populus/image-20240321100708342.png&#34; alt=&#34;image-20240321100708342&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/poplar_Populus/image-20240321102518605.png&#34; alt=&#34;image-20240321102518605&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;接下来这里咱很困惑, 作者用二代基因组数据(不是重测序)分别和每个亚基因组比对来发现SNP和InDels, 是因为作者认为这三个亚基因组足够相似吗, 那为什么不直接进行全基因组比较, 是伪滑窗减少计算量吗? 为了发现等位基因吗? 但是这个材料不是单倍体吗&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;同时作者也从公共数据库选择了银白杨祖先二倍体的全基因组测序数据查找SNP和InDels, 其中有5.66%的变异位于外显子中, 平均23.59%的变异位于启动子区域.&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Allelic variations among the three haploid chromosomes 
    &lt;div id=&#34;allelic-variations-among-the-three-haploid-chromosomes&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#allelic-variations-among-the-three-haploid-chromosomes&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;亚基因组间的等位基因鉴定: MCSCANX 得到的共线性块作为候选等位基因群&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;作者主要举例分析了以下两个基因在亚基因组内的情况&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;RD22: 是脱甲酸信号传导(abscisic acid  signalling)和非生物应激(abiotic stress)的分子联系
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/poplar_Populus/image-20240326151710734.png&#34; alt=&#34;image-20240326151710734&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;B亚基因组对应基因与A和C的相比, 存在21个SNP和63碱基的缺失.&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;CHI: 编码乙烯/茉莉酸介导途径(ethylene/jasmonic acidmediated signalling pathway)的几丁质酶
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/poplar_Populus/image-20240326173110720.png&#34; alt=&#34;image-20240326173110720&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;B亚基因组对应基因中间插入了丝氨酸, 同时有两个碱基突变&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Effects of salinity stress on the three haploid genomes 
    &lt;div id=&#34;effects-of-salinity-stress-on-the-three-haploid-genomes&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#effects-of-salinity-stress-on-the-three-haploid-genomes&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;fang m
作者测了六个时期的转录组, 每个转录组包含三个重复, 分析前面鉴定得到的等位基因中含有差异表达基因的情况, 发现4768个等位基因至少在这六个时期中包含有一个DEG. 同时作者分析了等位基因上游2kb的序列(启动子通常位于此), 发现多态性很高, 可能可以解释部分等位基因在盐胁迫情况下的特异性表达. 同时举了LEA7(LATE EMBRYOGENESIS ABUNDANT)的例子&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/poplar_Populus/image-20240328165956574.png&#34; alt=&#34;image-20240328165956574&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;讨论 
    &lt;div id=&#34;%E8%AE%A8%E8%AE%BA&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E8%AE%A8%E8%AE%BA&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;讨论大概包括一下三个方面&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;多倍体化的重要性, 同时银中杨高质量基因组的组装是研究多倍体的优秀模型&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;ABA途径中不同亚基因组基因的特异性表达可能是银中杨一些新特性形成的原因之一&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;长期营养繁殖产生的非编码突变促进其对各种环境的适应&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
</description>
    </item>
    
    <item>
      <title>文献阅读: 三倍体栽培香蕉的起源与进化</title>
      <link>https://with9.github.io/post/triploid-banana/</link>
      <pubDate>Thu, 14 Mar 2024 11:33:39 +0800</pubDate>
      
      <guid>https://with9.github.io/post/triploid-banana/</guid>
      <description>&lt;p&gt;论文链接: &lt;a href=&#34;https://doi.org/10.1038/s41588-023-01589-3&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    Li, X.et al.Origin and evolution of the triploid cultivated banana genome.Nat Genet 56, 136–142 (2024).&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;通讯作者简介 
    &lt;div id=&#34;%E9%80%9A%E8%AE%AF%E4%BD%9C%E8%80%85%E7%AE%80%E4%BB%8B&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E9%80%9A%E8%AE%AF%E4%BD%9C%E8%80%85%E7%AE%80%E4%BB%8B&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;&lt;a href=&#34;https://hbmc.fafu.edu.cn/b0/65/c4949a241765/page.htm&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    吕培涛&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;学习工作经历
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;2003-2010 仲恺农业工程学院，学士、硕士&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2010-2015 中国农业大学，博士&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2015-2019 香港中文大学，博士后&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2019- 福建农林大学园艺学院、海峡联合研究院，教授&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;研究方向
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;园艺作物品质形成及逆境响应由严格精细的网络调控&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;课题组自主可控的植物ENCODE优化技术及配套的生物信息分析技术&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;&lt;a href=&#34;https://person.zju.edu.cn/0020046&#34;   target=&#34;_blank&#34;&gt;
    张亮生&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;学习工作经历
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;2012年 获复旦大学遗传学博士学位，导师 马红教授；&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2012-2013 宾州州立大学，博士后；&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2013-2015 同济大学，副研究员；&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2015-2020 福建农林大学，教授（特聘）；&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;2020-至今 浙江大学，教授&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;研究方向
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;观赏植物（花卉）种质资源挖掘和利用、基因组学和功能基因挖掘&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;背景 
    &lt;div id=&#34;%E8%83%8C%E6%99%AF&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E8%83%8C%E6%99%AF&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;香蕉 &lt;em&gt;Bananas (Musa ssp.)&lt;/em&gt; 是世界重要的粮食作物和经济作物, 现代栽培品种基本都是通过野生的二倍体亲本A基因组 (&lt;em&gt;Musa acuminata&lt;/em&gt;, 2n = 22) 和B基因组 (&lt;em&gt;Musa balbisiana&lt;/em&gt;, 2n=22) 种内或种间杂交而形成的&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;目前主要的种植品种是香芽蕉(Cavendish), 但是在 20 世纪 50 年代以前主要栽培的品种是大麦克香蕉(Gros Michel), 之后黄叶病(Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) race 1)爆发, 大量种植大麦克香蕉的公司转种香芽蕉.&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;相比于香芽蕉, 大麦克香蕉更加香甜美味, 皮厚保质期较长, 同时果实数量也更多.&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;香芽蕉目前受到Froc tropical race 4 (TR4)的威胁, 也有虚拟灭绝(virtual extinction)的风险.&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;栽培香蕉的三个A亚基因组的起源尚不清楚.&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;结果 
    &lt;div id=&#34;%E7%BB%93%E6%9E%9C&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E7%BB%93%E6%9E%9C&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Genome assemblies of triploid Cavendish and Gros Michel 
    &lt;div id=&#34;genome-assemblies-of-triploid-cavendish-and-gros-michel&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#genome-assemblies-of-triploid-cavendish-and-gros-michel&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;作者分别组装和注释了三倍体的香芽蕉和大麦克香蕉, 下面是主要的组装注释方法和其结果&lt;/p&gt;
&lt;table&gt;
  &lt;thead&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;th&gt;Statistic&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Cavendish&lt;/th&gt;
          &lt;th&gt;Gros Michel&lt;/th&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/thead&gt;
  &lt;tbody&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Sequence Methods&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;PacBio sequencing, Illumina sequencing and Hi-C&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;PacBio HiFi sequencing, Hi-C&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Software for Assembly&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;Canu + Merqury + ALLHiC&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;Canu + Merqury +ALLHiC&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Software for Annotation&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;MAKER + InterProScan&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;MAKER + InterProScan&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Number of contigs&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;6,765&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;6,423&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Assembled genome (Mb)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1,480&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1,331&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Contig N50 (kb)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;241.2&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;1,038.0&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;G+C content (%)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;39.3&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;39.3&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Pseudo-chromosomes&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;33&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;33&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;Number of genes&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;106,540&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;120,653&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
      &lt;tr&gt;
          &lt;td&gt;BUSCO (%)&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;97.0&lt;/td&gt;
          &lt;td&gt;96.9&lt;/td&gt;
      &lt;/tr&gt;
  &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Origin of AAA triploid cultivated banana 
    &lt;div id=&#34;origin-of-aaa-triploid-cultivated-banana&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#origin-of-aaa-triploid-cultivated-banana&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;这两个品种的所有祖先特异性K-Mers(作者方法里面写的是Merqury, 这是个基于kmer的基因组评估软件, 没太理解)都可以追溯到五个可能的野生二倍体祖先: M. acuminata ssp. banskii (Banskii), malaccensis (DH-Pahang), zebrina (Zebrina), burmannica (Calcutta 4)和Musa schizocarpa (S genome from New Guinea). 最后确定Ban (Banksii), Dh (DH-Pahang)及Ze (Zebrina)是最可能的供体. 编码基因做的系统发育树和Ks频率分析也支持以上的结论. 同时作者还对这两个品种的亚基因组做了滑窗(2kb), 分别比对判断每一段窗口序列的来源.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/triploid-banana/3.2_1.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/triploid-banana/3.2_2.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;The evolution of Fusarium wilt resistance genes in banana 
    &lt;div id=&#34;the-evolution-of-fusarium-wilt-resistance-genes-in-banana&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#the-evolution-of-fusarium-wilt-resistance-genes-in-banana&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;目前Froc TR4可以感染80%种香蕉品种, 其中香芽蕉尤其严重. 先前科学家从抗Froc TR4的M. acuminata ssp. malaccensis中克隆出了RGA2(resistance gene analog 2)基因. 作者探究了该基因在香芽蕉, 大麦克香蕉和这几个二倍体中的情况, 发现:&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;RGA2基因为单拷贝基因, 在每套亚基因组内仅有一个拷贝&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;RGA2基因的编码蛋白在以上物种内高度保守(相似度&amp;gt;97%)&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;检查该基因上游1-kb发现存在普遍的200bp以上重复序列的插入&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/triploid-banana/3.3_1.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;在前言中我们知道, Froc TR1菌株导致的黄叶病造成了香芽蕉大规模取代大麦克香蕉, 因此作者就想探究一下香芽蕉抗TR1的原因, 先前的学者已经发现过一个和TR1抗性有关系的数量性状位点(RLP, 下图中用红色表示). 作者分析了以上香蕉品种中该基因的情况, 发现唯独在大麦克香蕉中的一个个亚基因组内缺失(Zebrina同源的那一套亚基因组).&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/triploid-banana/3.3_2.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Genes controlling banana fruit ripening 
    &lt;div id=&#34;genes-controlling-banana-fruit-ripening&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#genes-controlling-banana-fruit-ripening&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;于其他依赖乙烯成熟的水果相比, 香蕉成熟涉及正反馈双循环(two positive-feedback loops), NAC转录因子MaNAP是它们的耦合节点. 作者分别在香芽蕉和大麦克香蕉中发现了五个和四个MaNAP同源物, 同时可以分成两个分支.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/triploid-banana/3.4_1.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;香芽蕉在A分支中的MaNAP1-MaNAP3是MaNAP的同源基因, 在水果成熟和叶片衰老中均有表达. 同时其在B分支的二个同源基因仅在水果成熟时高表达. 这一表达模式在&lt;em&gt;Musa spp. ABB&lt;/em&gt;也有观测到.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/triploid-banana/3.4_2.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/triploid-banana/3.4_3.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;作者使用MaNAP4和MaNAP5特异性抗体进行ChIP-seq(染色体免疫共沉淀测序)来鉴定他们的结合基因. 鉴定得到一系列关键的果实发育基因(135个基因,其中有24个是已经被发现的), 并构建了MaNAP4-MaNAP5共表达网络.&lt;/p&gt;


&lt;h3 class=&#34;relative group&#34;&gt;Subgenome dominance in triploid bananas 
    &lt;div id=&#34;subgenome-dominance-in-triploid-bananas&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#subgenome-dominance-in-triploid-bananas&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;Subgenome dominance&lt;sup id=&#34;fnref:1&#34;&gt;&lt;a href=&#34;#fn:1&#34; class=&#34;footnote-ref&#34; role=&#34;doc-noteref&#34;&gt;1&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;亚基因组优势是指其中亲本基因组（亚基因组）之一与其他亚基因组相比具有更高水平的基因表达和最终更多的基因保留.&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;
&lt;p&gt;分化程度较低且表达较高的亚基因组被称为“显性亚基因组”(dominant subgenome), 分化程度较高且表达水平较低的亚基因组被称为“顺从亚基因组”(submissive subgenome).&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;作者发现Ban亚基因组是显性亚基因组: 更多保留的祖先基因, 更高的同源表达, 更多的DHSs&lt;sup id=&#34;fnref:2&#34;&gt;&lt;a href=&#34;#fn:2&#34; class=&#34;footnote-ref&#34; role=&#34;doc-noteref&#34;&gt;2&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt; (DNase-hypersensitive sites), 同时上一节发现的MaNAP4和MaNAP5的结合位点数量偏向性也支持这一结论.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;最后作者也鉴定了一些列的疾病抗性基因(NBS-LRR, RLP, RLK), 发现NBS-LRR在Ze亚基因组内显著偏见, 表明Ze亚基因组相比其他两个亚基因组更侧重调节疾病抗性.&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;




  
  
  
    &lt;figure&gt;
      &lt;img class=&#34;my-0 rounded-md&#34; loading=&#34;lazy&#34; src=&#34;https://with9.github.io/img/triploid-banana/3.5.png&#34; alt=&#34;&#34; /&gt;
      
    &lt;/figure&gt;
  

&lt;/p&gt;


&lt;h2 class=&#34;relative group&#34;&gt;讨论 
    &lt;div id=&#34;%E8%AE%A8%E8%AE%BA&#34; class=&#34;anchor&#34;&gt;&lt;/div&gt;
    
    &lt;span
        class=&#34;absolute top-0 w-6 transition-opacity opacity-0 ltr:-left-6 rtl:-right-6 not-prose group-hover:opacity-100&#34;&gt;
        &lt;a class=&#34;group-hover:text-primary-300 dark:group-hover:text-neutral-700&#34;
            style=&#34;text-decoration-line: none !important;&#34; href=&#34;#%E8%AE%A8%E8%AE%BA&#34; aria-label=&#34;Anchor&#34;&gt;#&lt;/a&gt;
    &lt;/span&gt;        
    
&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;作者的讨论大致分为三个部分&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;Ban亚基因组调控果实成熟, Ze亚基因组负责抗病, 说明三倍体香蕉的亚基因组存在功能分化&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;RLP位点在大麦克香蕉中的丢失很好的解释了它对Foc race 1 的敏感性, 这一位点来源于Zebrina, 说明大麦克香蕉和香芽蕉的Ze亚基因组可能有不同的祖先, 也可能是分化后大麦克香蕉的Ze亚基因组丢失了这一位点.&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;新的NAP同源物(MaNAP4和MaNAP5)在果实成熟中高度表达, 与一系列已知基因和未知基因结合, 表明许多未知功能基因对果实成熟非常重要, 同时作者猜想MaNAP4和MaNAP5很可能特异性参与香蕉果实成熟的正反馈双循环&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;div class=&#34;footnotes&#34; role=&#34;doc-endnotes&#34;&gt;
&lt;hr&gt;
&lt;ol&gt;
&lt;li id=&#34;fn:1&#34;&gt;
&lt;p&gt;Alger, E.I.&amp;amp; Edger, P.P.One subgenome to rule them all: underlying mechanisms of subgenome dominance.Current Opinion in Plant Biology 54, 108–113 (2020).&amp;#160;&lt;a href=&#34;#fnref:1&#34; class=&#34;footnote-backref&#34; role=&#34;doc-backlink&#34;&gt;&amp;#x21a9;&amp;#xfe0e;&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;li id=&#34;fn:2&#34;&gt;
&lt;p&gt;指对DNase酶高度敏感的部位, 这些区域在染色质结构松弛或开放的状态下, 相对于其他区域更容易被DNase酶降解. 因此研究人员可以以此来确定基因组中的潜在调控区域和调控元件.&amp;#160;&lt;a href=&#34;#fnref:2&#34; class=&#34;footnote-backref&#34; role=&#34;doc-backlink&#34;&gt;&amp;#x21a9;&amp;#xfe0e;&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
&lt;/li&gt;
&lt;/ol&gt;
&lt;/div&gt;
</description>
    </item>
    
  </channel>
</rss>