├── analysis/
│ ├── examples/
│ │ └── BaseModel.ipynb
│ ├── figures/
│ │ ├── Fig1
│ │ │ ├── Fig1_A_bottom_left_inset.svg
│ │ ├── ..
│ └── notebooks/
│ ├── Fig1
│ │ ├── Fig1_A.ipynb
│ ├── ..
├── analysis_pred_utils.py
├── analysis_utils.py
├── cache/
│ ├── ..
├── cell.py
├── data/
│ ├── BaseModel/
│ │ ├── BaseModel.json
│ │ ├── BaseModel.py
│ │ ├── intrnrn_spks_BaseModel.hdf5
│ │ └── stell_spks_BaseModel.hdf5
│ ├── ..
├── default_model_params.json
├── default_sim_params.json
├── docs/
│ ├── docs/
│ ├── make.bat
│ ├── Makefile
│ ├── source/
│ │ ├── ..
├── input_data/
│ ├── trajectories/
│ │ └── traj_1.hdf5
│ └── vi_transform/
│ └── spline_params.json
├── interneuron.py
├── LICENSE.txt
├── logs/
│ ├── ..
├── mod/
│ ├── geneval_cvode.inc
│ ├── itheta.mod
│ ├── itheta_stell.mod
│ ├── kdr.mod
│ ├── naf.mod
│ └── stellate_mech.mod
├── m_run.py
├── m_sim_setup.py
├── network_configs/
│ ├── connections/
│ │ ├── 1d_config.py
│ │ ├── 2d_config.py
│ │ ├── asym_config.py
│ │ ├── conn_utils.py
│ │ ├── saved_matrices
│ │ │ ├── matrix_1d_default.hdf5
..
│ │ └── stdn_config.py
│ └── instrumentations/
│ ├── 1d_instr.py
│ ├── 2d_instr.py
│ ├── instr_utils.py
│ ├── stdn_instr.py
│ └── trajectory1D.py
├── network.py
├── param.py
├── pyproject.toml
├── Readme.md
├── sim_utils.py
├── specs/
│ ├── fig1/
│ │ ├── fig1_1D.py
..
│ ├── m_template.py
│ ├── s_2d_template.py
│ └── s_template.py
├── s_run.py
├── s_run_split.py
├── s_sim_setup.py
├── stellate.py
├── uv.lock