diff --git a/docs/design/security.md b/docs/design/security.md
index 5829e52..184fbf9 100644
--- a/docs/design/security.md
+++ b/docs/design/security.md
@@ -74,7 +74,7 @@
 
 | クラス | 対象 | 担い手 |
 |---|---|---|
-| 機械的(構造的担保) | 正規テキスト(S9)・SVG(S12)・`meta.id`=dirname(S11)・生成物/ソース乖離・サイズ上限・必須フィールド・sha512 整合・ホスト関数リテラル限定 best-effort | CI(`scripts/check-registry-integrity.mjs`) |
+| 機械的(構造的担保) | 正規テキスト(S9)・SVG(S12)・ID=dirname 全種別(S11)・storeId 形式 + 全 kind 横断一意 + テーマ内部 ID 一意(notedeck#913)・生成物/ソース乖離・サイズ上限・必須フィールド・sha512 整合・ホスト関数リテラル限定 best-effort | CI(`scripts/check-registry-integrity.mjs`) |
 | 論理(人手必須) | ロジックボム・権限と説明の釣り合い・第2引数の宛先・config 駆動の引数 | 人間(CI が候補フラグを提示) |
 
 - Tier は種別でなく**導出されるホスト関数**で決める。`write:*` / `Nd:http` /
diff --git a/docs/registry-format.md b/docs/registry-format.md
index 34f33d5..2b16cf0 100644
--- a/docs/registry-format.md
+++ b/docs/registry-format.md
@@ -22,10 +22,21 @@ public/registry/
 frontmatter から自動生成されます。`api.json` などの生成物はコミットせず、ビルドで
 生成します(レビュー対象とソースを一致させるため。[security.md](design/security.md) S1)。
 
-> **ID はディレクトリ名と一致必須。** `meta.id` を書く場合はディレクトリ名と完全に
-> 一致させてください(不一致は既存アイテム乗っ取りの温床として CI が reject します)。
+> **ID はディレクトリ名と一致必須。** `meta.id`(スキルは frontmatter の `id`)は
+> ディレクトリ名と完全に一致させてください(不一致は既存アイテム乗っ取りの温床として
+> CI が reject します)。
 > `createdAt`/`updatedAt` は `meta.json` に書かず、git 履歴から自動採取されます。
 
+ディレクトリ名(storeId)は NoteDeck 側でローカル同一性の正準リンクになるため
+(notedeck#913)、CI(`scripts/check-registry-integrity.mjs`)が次を機械検査します。
+
+- 形式は `^[a-z0-9-]{1,48}$`(小文字英数とハイフンのみ、48 文字以内)。
+  Windows 予約デバイス名(`con` / `prn` / `aux` / `nul` / `com1`-`com9` /
+  `lpt1`-`lpt9`)は不可
+- ID は種別をまたいでレジストリ全体で一意(同じ ID を plugins と skills で
+  使い回すことはできない)
+- テーマの `theme.json5` 内部 `id` はテーマ間で一意(欠損は許容、重複は reject)
+
 ### エントリの URL フィールド
 
 - `sourceUrl` — 生ソース(`plugin.is` / `theme.json5` / `widget.is` / `skill.md` /
diff --git a/scripts/check-registry-integrity.mjs b/scripts/check-registry-integrity.mjs
index 1c904ee..ae4dbdf 100644
--- a/scripts/check-registry-integrity.mjs
+++ b/scripts/check-registry-integrity.mjs
@@ -11,6 +11,7 @@
 import { readFileSync, readdirSync, existsSync, statSync } from 'node:fs'
 import { resolve, join, dirname } from 'node:path'
 import { fileURLToPath } from 'node:url'
+import JSON5 from 'json5'
 
 const REGISTRY_DIR = resolve(dirname(fileURLToPath(import.meta.url)), '..', 'public', 'registry')
 
@@ -25,9 +26,20 @@ const KINDS = {
 
 const MAX_SOURCE_BYTES = 500 * 1024 // S2: サイズ上限 500KB
 
+// notedeck#913: storeId(ディレクトリ名)はローカル同一性の正準リンクになるため
+// 形式を機械保証する。小文字英数とハイフンのみ、48 文字以内。
+const STORE_ID_RE = /^[a-z0-9-]{1,48}$/
+// Windows 予約デバイス名。ローカル展開時にファイル/ディレクトリ名として使えない。
+const WINDOWS_RESERVED_RE = /^(con|prn|aux|nul|com[1-9]|lpt[1-9])$/
+
 const errors = []
 const warnings = []
 
+// notedeck#913: レジストリ全体(全 kind 横断)の ID 重複検査用
+const idOwners = new Map() // storeId → ['kind/id', ...]
+// notedeck#913: テーマ内部 ID(theme.json5 の id)の一意性検査用
+const themeInternalIds = new Map() // 内部 id → [storeId, ...]
+
 // S9: 見た目とパーサ解釈を乖離させる不可視/制御文字。
 // bidi 制御は無条件 reject(Trojan Source, CVE-2021-42574)。
 const BIDI_CONTROLS = /[‪-‮⁦-⁩]/
@@ -73,12 +85,37 @@ function checkSvg(label, svg) {
   }
 }
 
+// skill.md の YAML frontmatter から id を取り出す。
+// build-registry.js の parseFrontmatter と同じく浅い frontmatter のみ想定。
+function frontmatterId(text) {
+  const m = text.match(/^---\r?\n([\s\S]*?)\r?\n---/)
+  if (!m) return null
+  for (const line of m[1].split(/\r?\n/)) {
+    const kv = line.match(/^id\s*:\s*(.*)$/)
+    if (!kv) continue
+    const v = kv[1].trim()
+    return /^".*"$/.test(v) || /^'.*'$/.test(v) ? v.slice(1, -1) : v
+  }
+  return null
+}
+
 for (const [kind, sourceName] of Object.entries(KINDS)) {
   const kindDir = join(REGISTRY_DIR, kind)
   for (const id of scanDirs(kindDir)) {
     const itemDir = join(kindDir, id)
     const label = `${kind}/${id}`
 
+    // notedeck#913: storeId(ディレクトリ名)の形式検査
+    if (!STORE_ID_RE.test(id)) {
+      errors.push(`[${label}] storeId(ディレクトリ名)が不正 — ^[a-z0-9-]{1,48}$ に一致しない`)
+    } else if (WINDOWS_RESERVED_RE.test(id)) {
+      errors.push(`[${label}] storeId が Windows 予約デバイス名(${id})`)
+    }
+
+    // notedeck#913: 全 kind 横断の ID 重複検査(収集。判定はループ後)
+    if (!idOwners.has(id)) idOwners.set(id, [])
+    idOwners.get(id).push(label)
+
     // 主ソース
     const sourcePath = join(itemDir, sourceName)
     if (!existsSync(sourcePath)) {
@@ -92,9 +129,20 @@ for (const [kind, sourceName] of Object.entries(KINDS)) {
       }
     }
 
-    // meta.json(skills は持たない)
+    // meta.json(skills は持たず skill.md の frontmatter が同じ役割)
     const metaPath = join(itemDir, 'meta.json')
-    if (kind !== 'skills') {
+    if (kind === 'skills') {
+      // S11 / notedeck#913: skills も frontmatter の id = ディレクトリ名を強制。
+      // ここを素通しすると skills だけアイテム乗っ取り経路が残る。
+      if (existsSync(sourcePath)) {
+        const fmId = frontmatterId(readFileSync(sourcePath, 'utf-8'))
+        if (fmId == null) {
+          errors.push(`[${label}] skill.md の frontmatter に id が無い`)
+        } else if (fmId !== id) {
+          errors.push(`[${label}] frontmatter の id (${fmId}) がディレクトリ名 (${id}) と不一致 — アイテム乗っ取りの温床`)
+        }
+      }
+    } else {
       if (!existsSync(metaPath)) {
         errors.push(`[${label}] meta.json が無い`)
       } else {
@@ -118,6 +166,22 @@ for (const [kind, sourceName] of Object.entries(KINDS)) {
       }
     }
 
+    // notedeck#913: テーマ内部 ID(theme.json5 の id)の収集(判定はループ後)。
+    // id 欠損は現状データで許容されているため fail にせず、重複のみ弾く。
+    if (kind === 'themes' && existsSync(sourcePath)) {
+      let theme
+      try {
+        theme = JSON5.parse(readFileSync(sourcePath, 'utf-8'))
+      } catch {
+        errors.push(`[${label}] theme.json5 が JSON5 として解釈できない`)
+        theme = {}
+      }
+      if (theme.id != null) {
+        if (!themeInternalIds.has(theme.id)) themeInternalIds.set(theme.id, [])
+        themeInternalIds.get(theme.id).push(id)
+      }
+    }
+
     // icon.svg(任意)
     const iconPath = join(itemDir, 'icon.svg')
     if (existsSync(iconPath)) {
@@ -128,6 +192,19 @@ for (const [kind, sourceName] of Object.entries(KINDS)) {
   }
 }
 
+// notedeck#913: レジストリ全体(全 kind 横断)で storeId は一意
+for (const [id, owners] of idOwners) {
+  if (owners.length > 1) {
+    errors.push(`[registry] ID "${id}" が重複: ${owners.join(', ')} — storeId はレジストリ全体で一意`)
+  }
+}
+// notedeck#913: テーマ内部 ID の一意性
+for (const [tid, dirs] of themeInternalIds) {
+  if (dirs.length > 1) {
+    errors.push(`[themes] theme.json5 の内部 ID "${tid}" が重複: ${dirs.join(', ')}`)
+  }
+}
+
 for (const w of warnings) console.warn(`WARN  ${w}`)
 for (const e of errors) console.error(`ERROR ${e}`)