[Code Quality] Inconsistent NA checking with suppressWarnings

[loganylchen]

Description

在 R/GuitarPlot.R 的 .generate_guitar_coordinates 函数中（第4-10行），使用了 suppressWarnings(is.na(...)) 的模式来检查NA值：

suppressWarnings(
  if (is.na(GuitarCoordsFromTxDb)&is.na(txdb)&is.na(genome)) {
    stop(...)
  } 
)

if ( suppressWarnings(is.na(GuitarCoordsFromTxDb))){ 
  if (suppressWarnings(is.na(txdb))) {

Impact

• is.na() 对复杂对象（如TxDb、GRangesList）会产生警告
• 这种检查方式不够健壮

Suggested Fix

使用 is.null() 或自定义检查函数：

# 更好的方式
.is_missing <- function(x) {
  is.null(x) || (length(x) == 1 && is.na(x))
}

if (.is_missing(GuitarCoordsFromTxDb) && .is_missing(txdb) && .is_missing(genome)) {
  stop(...)
}

File

R/GuitarPlot.R lines 4-14